РУССКИЙ | ENGLISH
Главная | Карта сайта | Контакты | Вход
Поиск:
Контакты
НИИ медицинской генетики
Адрес:
Россия, 634050, г. Томск, Набережная реки Ушайки, 10
Телефон:
Приемная директора:
+7 (3822) 51-22-28;

Генетическая клиника
Адрес:
г.Томск, Московский тракт, 3 Регистратура:
+7 (3822) 53-05-37

Факс: +7 (3822) 51-37-44

Яндекс.Метрика





3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics,

В журнале Nucleic Acids Research 23 мая 2022 года опубликована статья 3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics, в составе International Nucleome Consortium  П.С. Белокопытова, сотрудник лаборатории онтогенетики НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ.

Modeling 3D genome organisation has been booming in the last years thanks to the availability of experimental datasets of genomic contacts. However, the field is currently missing the standardisation of methods and metrics to compare predictions and experiments. We present 3DGenBench, a web server available at https://inc-cost.eu/benchmarking/, that allows benchmarking computational models of 3D Genomics. The benchmark is performed using a manually curated dataset of 39 capture Hi-C profiles in wild type and genome-edited mouse cells, and five genome-wide Hi-C profiles in human, mouse, and Drosophila cells. 3DGenBench performs two kinds of analysis, each supplied with a specific scoring module that compares predictions of a computational method to experimental data using several metrics. With 3DGenBench, the user obtains model performance scores, allowing an unbiased comparison with other models. 3DGenBench aims to become a reference web server to test new 3D genomics models and is conceived as an evolving platform where new types of analysis will be implemented in the future.
 

DOI: 10.1093/nar/gkac396/6593108

Ссылка на публикацию: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac396/6593108


просмотров: 530, опубликовано: 22.06.2022
« предыдущая | вернуться к списку | следующая »
Copyright © НИИ Медицинской Генетики Медиа-Ком : разработка сайта, веб дизайн, система управления сайтом