Основные научные работы И.Н. Лебедева посвящены исследованию вопросов цитогенетики индивидуального развития человека, изучению механизмов формирования хромосомных мутаций и установлению их роли в развитии наследственных болезней, разработке и внедрению в практику здравоохранения методов молекулярно-цитогенетической диагностики хромосомной патологии.

И.Н. Лебедев является автором и соавтором более 850 печатных трудов, в том числе – двух изданий «Национального руководства: Наследственные болезни» (М.: ГЭОТАР-Медиа, 2012, 2017), «Национального руководства: Медицинская генетика» (М.: ГЭОТАР-Медиа, 2022), серии монографий и учебников «Регенеративная биология и медицина» (Омск – Москва – Томск, 2012, 2015, 2017, 2022), «Цитогенетические последствия радиационных и химических воздействий на человека» (Томск, 2014), «Плоскоклеточный рак головы и шеи: Молекулярные основы патогенеза» (М.: Наука, 2016), «Aneuploidy» (Karger, 2011), «Epigenetics and Epigenomics» (InTech, 2014), «Genetic information in practice» (Zagreb.: Medicinska Naklada, 2016, 2024), «Human Ring Chromosomes» (Springer, 2024). Под научным руководством И.Н. Лебедева защищены 12 кандидатских и 2 докторские диссертации.

Под руководством И.Н. Лебедева реализованы отечественные и международные исследовательские проекты, сфокусированные на анализе вариабельности генома человека в возникновении интеллектуальных нарушений, проблем репродукции, онкологических заболеваний. Описан ряд новых хромосомных мутаций при нарушениях эмбрионального развития и невынашивании беременности, исследованы молекулярно-генетические механизмы формирования хромосомных аномалий в онтогенезе, предложена классификация мозаичных форм хромосомных нарушений. В исследованиях, проведенных под руководством И.Н. Лебедева, впервые на явлениях геномного импринтинга и инактивации Х-хромосомы продемонстрирована роль нарушений эпигенетических механизмов регуляции активности генов при аномалиях эмбрионального развития человека. Разработаны и внедрены в практику отечественного здравоохранения передовые технологии пренатальной и преимплантационной генетической диагностики хромосомных заболеваний. Лебедев И.Н., выступая в качестве координатора с российской стороны в международном проекте 7 Рамочной программы Европейского союза, посвященном вопросам генетики недифференцированных форм умственной отсталости в детском возрасте, провел работы, направленные на установление роли хромосомных аномалий в этиологии интеллектуальных расстройств. В результате исследований описан ряд новых хромосомных мутаций, ассоциированных с задержкой интеллектуального развития ребенка. Впервые созданы клеточные модели заболеваний на основе аутологичных линий индуцированных плюрипотентных стволовых клеток от пациентов с хромосомными аберрациями. Под руководством Лебедева И.Н. проведен цикл научно-исследовательских работ, направленных на оценку параметров генетического здоровья работников атомной промышленности.

И.Н. Лебедев принимает активное участие в организации и проведении научных исследований при поддержке отечественных и зарубежных научных фондов – Российского научного фонда, Российского фонда фундаментальных исследований, Совета по Грантам Президента РФ, Федеральных целевых программ, Рамочных Программ Европейского союза.

И.Н. Лебедев является заместителем Председателя диссертационного совета 24.1.215.03 по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук и ученой степени доктора наук по специальности 1.5.7 – генетика. Он также является членом Ученого совета ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук» и заместителем Председателя Ученого совета Научно-исследовательского института медицинской генетики Томского НИМЦ.

И.Н. Лебедев – заместитель Председателя Российского общества медицинских генетиков, член Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Европейской цитогенетической ассоциации, Европейского общества генетиков человека, Европейского общества репродукции человека и эмбриологии, Российской ассоциации репродукции человека. Член экспертного совета Российского научного фонда, экспертного совета ВАК РФ по медико-биологическим и фармацевтическим наукам. Является членом редакционных коллегий журналов «Scientific Reports», «Journal of Assisted Reproduction and Genetics» и «Вавиловского журнала генетики и селекции».

Научные достижения И.Н. Лебедева отмечены Почётными грамотами Администрации Томской области, грамотами СО РАМН, СО РАН, ТНЦ СО РАМН и профессиональных обществ. В 2018 году И.Н. Лебедев отмечен Благодарностью Комитета Государственной Думы РФ по здравоохранению. В 2021 году награжден дипломом и памятной медалью С.Н. Давиденкова Российского общества медицинских генетиков. Награжден Медалью Министерства науки и высшего образования Российской Федерации «За вклад в реализацию государственной политики в области научно-технологического развития» (2021 г.). В 2019 году отмечен юбилейным знаком «75 лет Томской области», а в  2022 году – почетным знаком «Серебряная сигма» Сибирского отделения РАН. Является Лауреатом Премии Томской области в сфере образования, науки, здравоохранения и культуры в номинации «Премии научным и научно-педагогическим коллективам» (2024 г.)

1. Медицинская генетика : Национальное руководство / под ред. Е.К. Гинтера, В.П. Пузырева, С.И. Куцева. — Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2022. — 896 с. Лебедев И.Н. Главы: Генетика соматических клеток и болезни человека; Методы цитогенетической диагностики хромосомных болезней; Хромосомные болезни; Преимплантационное генетическое тестирование.

2. Наследственные болезни: Национальное руководство / Под ред. Н.П. Бочкова, Е.К. Гинтера, В.П. Пузырёва. — М.: ГЭОТАР-Медиа, 2012. – 936 с. Лебедев И.Н. Главы: Методы цитогенетической диагностики хромосомных болезней; Хромосомные болезни.

3. Дыгай А.М., Семченко В.В., Лебедев И.Н., Ерениев С.И., Степанов С.С., Леонтьев В.К., Ярыгин К.Н., Жданов В.В., Петровский Ф.И., Байматов В.Н., Назаренко М.С., Николаев Н.А. Регенеративная биология и медицина. Книга III. Клеточные технологии в медицине. - Коллективная монография / Под общей редакцией академика РАН В.П. Пузырёва, академика РАН А.М. Дыгая, профессора РАН И.Н. Лебедева и профессора В.В. Семченко. - Москва - Омск - Томск - Ханты-Мансийск: Омская типография. 2017. - 774 с.

4. Ерениев С.И., Семченко В.В., Лебедев И.Н., Соловьев Г.С., Янин В.Л., Сосновская Е.В., Вихарева Л.В., Ланичева А.Х. Регенеративная биология и медицина. Книга V. Клеточные технологии в терапии болезней органов пищеварения / под общей редакцией профессора РАН И.Н. Лебедева, профессора В.В. Семченко и профессора Г.С. Соловьева. – Омск – Томск – Тюмень – Уфа – Ханты-Мансийск: Издательско-полиграфический центр ОмГМУ, 2022. – 294 с.

5. Чойнзонов Е.Л., Кондакова И.В., Спирина Л.В., Лебедев И.Н., Гольдберг В.Е., Чижевская С.Ю., Шишкин Д.А., Уразова Л.Н., Какурина Г.В., Бычков В.А., Хричкова Т.Ю., Мельников А.А. Плоскоклеточный рак головы и шеи: молекулярные основы патогенеза / Томский научно-исследовательский НИИ онкологии. – М.: Наука, 2016. – 224 с.

6. Кашеварова А.А., Лебедев И.Н., Назаренко Л.П. Архитектура генома и хромосомные болезни. Синдромы реципрокных микроделеций и микродупликаций: атлас / Под ред. акад. РАН, проф. В.П. Пузырёва . – Томск: Изд-во «Печатная мануфактура», 2014. – 56 с.

7. Human Ring Chromosomes – A Practical Guide for Clinicians and Families. Editors: Peining Li, Thomas Liehr. Springer Nature 2024. – 524 p. Chapters: Ring chromosome 8; Molecular Mechanisms of Ring Chromosome Formation and Instability; iPSC models of ring chromosomes, genome editing, and chromosome therapy.

8. Čulić V., Pavelić J., Radman M., Lebedev I. (Eds). Genetic counselling in practice. Medicinska Naklada, Zagreb. 2024. University textbook edition. – 326 p.

9. Lebedev I.N. Cytogenetika probačaja (Cytogenetics of spontaneous abortions) / Genetičko informiranje u praksi (Genetic information in practice) (Eds. Čulič V., Pavelič J., Radman M.) / Zagreb.: Medicinska Naklada, 2016. – 295 p.

10. Lebedev I.N. Genomic imprinting and human reproduction // Epigenomics and Epigenetics. InTech. 2014.

Статьи:

1. Gridina M., Lagunov T., Belokopytova P., Torgunakov N., Nuriddinov M., Nurislamov A., Nazarenko L.P., Kashevarova A.A., Lopatkina M.E., Belyaeva E.O., Salykova O.A., Cheremnykh A.D., Sukhanova N.N., Vasiliev S.A., Zuev A.S., Minzhenkova M.E., Markova Zh.G., Demina N.A., Stepanchuk Y., Khabarova A., Yan A., Valeev E., Koksharova G., Grogor’eva E.V., Kokh N., Lukjanova T., Maximova Y., Musatova E., Shabanova E., Kechin A., Khrapov E., Boyarskih U., Ryzhkova O., Suntsova M., Matrosova A., Karoli M., Manakhov A., Filipenko M., Rogaev E., Shilova N.V., Lebedev I.N., Fishman V.S. Combining chromosome conformation capture and exome sequencing for simultaneous detection of structural and single-nucleotide variants // Genome Medicine. 2025;17(1):47. 10.1186/s13073-025-01471-3

2. Kashevarova A.A., Lopatkina M.E., Vasilyeva O.Yu., Fedotov D.A., Fonova E.A., Zhalsanova I.Z., Zarubin A.A., Salyukova O.A., Belyaeva E.O., Petrova V.V., Ravzhaeva E.G., Agafonova A.A., Cheremnykh, A.D., Torkhova N.B., Vovk, S.L., Lebedev I.N. Delineation of the genetic architecture and clinical polymorphism of 3q29 duplication syndrome: A review of the literature and a report of two novel patients with single-gene BDH1 duplications // Molecular Genetics & Genomic Medicine. 2025;13(1):e70047. doi: 10.1002/mgg3.70047

3. Tolmacheva E.N., Kashevarova A.A., Fonova E.A., Salyukova O.A., Seitova G.N., Nazarenko L.P., Agafonova A.A., Minaycheva L.I., Ravzhaeva E.G., Petrova V.V., Lopatkina M.E., Belyaeva E.O., Fedotov D.A., Vasilyeva O.Y., Skryabin N.A., Lebedev I.N. Prevalence of CNVs on the X chromosome in patients with neurodevelopmental disorders // Molecular Cytogenetics. 2025;18(1):3. doi: 10.1186/s13039-025-00703-w

4. Essers R., Lebedev I.N., Kurg A., Fonova E.A., Stevens S.J.C., Koeck R.M., von Rango U., Brandts L., Deligiannis S.P., Nikitina T.V., Sazhenova E.A., Tolmacheva E.N., Kashevarova A.A., Fedotov D.A., Demeneva V.V., Zhigalina D.I., Drozdov G.V., Al-Nasiry S., Macville M.V.E., van den Wijngaard A., Dreesen J., Paulussen A., Hoischen A., Brunner H.G., Salumets A., Zamani Esteki M. Prevalence of chromosomal alterations in first-trimester spontaneous pregnancy loss // Nature Medicine. 2023. V. 29. № 12. P. 3233-3242. doi: 10.1038/s41591-023-02645-5

5. Li P., Dupont B., Hu Q., Crimi M., Shen Y., Lebedev I., Liehr T. The past, present, and future for constitutional ring chromosomes: A report of the international consortium for human ring chromosomes // Human Genetics and Genomics Advances. 2022; 13; 3:10139: 1-14. https://doi.org/10.1016/j.xhgg.2022.100139

6. Tolmacheva E.N., Vasilyev S.A., Nikitina T.V., Lytkina E.S., Sazhenova E.A., Zhigalina D.I., Vasilyeva O.Yu., Markov A.V., Demeneva V.V., Tashireva L.A., Kashevarova A.A., Lebedev I.N. Identification of differentially methylated genes in first-trimester placentas with trisomy of chromosome 16 // Scientific Reports. 2022. Vol. 12(1), 1166. doi:: 10.1038/s41598-021-04107-9

7. Fonova E.A., Tolmacheva E.N., Kashevarova A.A., Sazhenova E.A., Nikitina T.V., Lopatkina M.E., Vasilyeva O.Yu., Zarubin A.A., Aleksandrova T.N., Yuriev S.Yu., Skryabin N.A., Stepanov V.A., Lebedev I.N. Skewed X-chromosome inactivation as a possible marker of X-linked CNV in women with pregnancy loss // Cytogenetic and Genome Research. 2022. V. 162. № 3. P. 97-108. doi: 10.1159/000524342

8. Lebedev I.N., Zhigalina D. I. From contemplation to classification of chromosomal mosaicism in human preimplantation embryos // Journal of Assisted Reproduction and Genetics. 2021 V. 38. № 11. P. 2833-2848 doi: 10.1007/s10815-021-02304-z

9. Lebedev I.N., Karamysheva T.V., Elisaphenko E.A., Makunin A.I., Zhigalina D.I., Lopatkina M.E., Drozdov G.V., Cheremnykh A.D.,Torkhova N.B., Seitova G.N., Vasilyev S.A., Kashevarova A.A., Nazarenko L.P., Rubtsov N.B. Prenatal diagnosis of small supernumerary marker chromosome 10 by array-based comparative genomic hybridization and microdissected chromosome sequencing // Biomedicines. 2021 Aug 17;9(8):1030. doi: 10.3390/biomedicines9081030

10. Nikitina T.V., Kashevarova A.A., Gridina M.M., Lopatkina M.E., Khabarova A.A., Yakovleva Yu.S., Menzorov A.G., Minina Yu.A., Pristyazhnyuk I.E., Vasilyev S.A., Fedotov D.A., Serov O.L., Lebedev I.N. Complex biology of constitutional ring chromosomes structure and (in)stability revealed by somatic cell reprogramming // Scientific Reports. 2021. 11: 4325 DOI:10.1038/s41598-021-83399-3

11. Sazhenova E.А., Nikitina T.V., Vasilyev S.A., Tolmacheva E.N., Vasilyeva O.Yu., Markov A.V., Yuryev S.Yu., Skryabin N.A., Zarubin A.A., Kolesnikov N.A., Stepanov V.A., Lebedev  I.N. NLRP7 variants in spontaneous abortions with multilocus imprinting disturbances from women with recurrent pregnancy loss // Journal of Assisted Reproduction and Genetics. 2021. V. 38. № 11. P. 2893-2908. doi: 10.1007/s10815-021-02312-z

12. Nikitina T.V., Sazhenova E.A., Zhigalina D.I., Tolmacheva E.N., Sukhanova N.N., Lebedev I.N. Karyotype evaluation of repeated abortions in primary and secondary recurrent pregnancy loss // Journal of Assisted Reproduction and Genetics. 2020 37(3): 517-525.  doi: 10.1007/s10815-020-01703-y

13. Fedorenko O.Yu., Golimbet V.E., Ivanova S.A., Levchenko A., Gainetdinov R.R., Semke A.V., Simutkin G.G., Gareeva A.E., Glotov A.G., Gryaznova A., Iourov I.Yu., Krupitsky E.M., Lebedev I.N., Mazo G.E., Kaleda V.G., Abramova L.I., Oleichik I.V., Nasykhova Yu.A., Nasyrova R.F., Nikolishin A.E., Kasyanov E.D., Rukavishnikov G.V., Timerbulatov I.F., Brodyansky V.M., Vorsanova S.G., Yurov Yu.B., Zhilyaeva T.V., Sergeeva A.V., Blokhina E.A., Zvartau E.E., Blagonravova A.S., Aftanas L.I., Bokhan N.A., Kekelidze Z.I., Klimenko T.P., Anokhina I.P., Khusnutdinova E.K., Klyushnik T.P., Neznanov N.G., Stepanov V.A., Schulze T.G., Kibitov A.O. Opening up new horizons for psychiatry genetics in the Russian Federation: moving toward a national consortium // Molecular Psychiatry. 2019 Aug;24(8):1099-1111. doi: 10.1038/s41380-019-0354-z

14. Tšuiko O., Zhigalina D.I., Jatsenko T., Skryabin N.A., Kanbekova O.R., Artyukhova V.G., Svetlakov A.V., Teearu K., Trošin A, Salumets А., Kurg A., Lebedev I.N. The karyotype of the blastocoel fluid demonstrates low concordance with both trophectoderm and inner cell mass // Fertility and Sterility. 2018. V. 109. № 6. P. 1127–1134е1. doi: 10.1016/j.fertnstert.2018.02.008

15. Gridina M.M, Matveeva N.M., Fishman F.S., Menzorov A.G., Kizilova H.A., Beregovoy N.A., Kovrigin I.I., Pristyazhnyuk I.E., Oscorbin I.P., Filipenko M.L., Kashevarova A.A., Skryabin N.A., Nikitina T.V., Sazhenova E.A., Nazarenko L.P., Lebedev I.N., Serov O.L. Allele-specific biased expression of the CNTN6 gene in iPS Cell-derived neurons from a patient with intellectual disability and 3p26.3 microduplication Involving the CNTN6 gene // Molecular Neurobiology. 2018. V. 55. № 8. P. 6533-6546. doi.org/10.1007/s12035-017-0851-5

16. Lebedev I.N. Nazarenko L.P., Skryabin N.A., Babushkina N.P., Kashevarova A.A. A de novo microtriplication at 4q21.21-q21.22 in a patient with a vascular malignant hemangioma, elongated sigmoid colon, developmental delay, and absence of speech // American Journal of Medical Genetics. Part A. 2016. V. 170A. № 8. P. 2089-2096. DOI: 10.1002/ajmg.a.37754

17. Kashevarova A.A., Nazarenko L.P., Skryabin N.A., Nikitina T.V., Vasilyev S.A., Tolmacheva E.N., Lopatkina M.E., Salyukova O.A., Chechetkina N.N., Vorotelyak E.A., Kalabusheva E.P., Fishman V.S., Kzhyshkowska J., Graziano C., Magini P., Romeo G., Lebedev I.N. A mosaic intragenic microduplication of LAMA1 and a constitutional 18p11.32 microduplication in a patient with keratosis pilaris and intellectual disability // American Journal of Medical Genetics Part A. 2018; 176(11):2395-2403. doi: 10.1002/ajmg.a.40478.

18. Kashevarova A.A.,  Nazarenko L.P., Schultz-Pedersen S., Skryabin N.A., Salyukova O.A., Chechetkina N.N., Tolmacheva E.N., Rudko A.A., Magini P., Graziano C., Romeo G., Joss Sh., Tümer Z., Lebedev I.N. Single gene microdeletions and microduplication of 3p26.3 in three unrelated families: CNTN6 as a new candidate gene for intellectual disability // Molecular Cytogenetics. 2014 Dec 31;7(1):97. doi: 10.1186/s13039-014-0097-0

19. Lebedev I. Mosaic aneuploidy in early fetal losses // Cytogenetic and Genome Research. 2011;133(2-4):169-83. doi: 10.1159/000324120

20. Lebedev I.N., Ostroverkhova N.V., Nikitina T.V., Sukhanova N.N. Nazarenko S.A. Features of chromosomal abnormalities in spontaneous abortion cell culture failures detected by interphase FISH analysis // European Journal of Human Genetics. 2004;12(7):513-20. doi: 10.1038/sj.ejhg.5201178