Данная статья является записью интервью с проживающей на Северо-Востоке Китая дагурской шаманкой Мэн Цзиньфэн (孟金凤). Интервью состоялось во время экспедиции автора вдоль восточных склонов Большого Хингана, неподалёку от посёлка Дулар Национальной эвенкийской волости Дулар (杜拉尔鄂温克民族乡) в июле 2021 года. После этого специалист по монгольским народам И.А. Грунтов снабдил интервью введением и необходимыми комментариями. Текстовая, переведённая с китайского на русский язык версия интервью почти не подвергалась сокращениям, авторы попытались, по возможности, сохранить речевую манеру информанта. Чтобы дать подспорье для дальнейших исследований, авторами были сохранены в исходном виде все непонятные из самого разговора и литературы места и реплики информанта. Содержание беседы касалось, в основном, того, к каким именно из известных в данной местности духов обращается Мэн Цзиньфэн во время камланий, а также самого процесса вселения духов в шамана и сопутствующих лечению больного жертвоприношений. Кроме того, были заданы вопросы о создании святынь-Баркенов (обычно скрываемых эвенками и дагурами домашних изображений духов, которые создаются шаманами в процессе лечения болезней). Также, много внимания во время беседы уделялось вопросам о становлении шамана и о связанных с этим проблемах. Среди прочего, из интервью можно получить определённые представления о социальном положении дагурских шаманов, связях некоторых элементов шаманизма с родовой организацией и др. Для лучшего понимания записанной беседы, статья снабжена коротким введением-пояснением общих особенностей дагурской магии. В текст добавлены авторские примечания относительно религии, нюансов китайского и монгольского языков, а также других деталей, без которых многие места текста могли бы быть понятны только специалистам по этнографии Северо-Восточного Китая.

Effective molecular diagnosis of congenital diseases hinges on comprehensive 36 genomic analysis, traditionally reliant on various methodologies specific to each variant 37 type—whole exome or genome sequencing for single nucleotide variants (SNVs), array 38 CGH for copy-number variants (CNVs), and microscopy for structural variants (SVs). We 39 introduce a novel, integrative approach combining exome sequencing with chromosome 40 conformation capture, termed Exo-C. This method enables the concurrent identification of SNVs in clinically relevant genes and SVs across the genome and allows analysis of 42 heterozygous and mosaic carriers. Enhanced with targeted long-read sequencing, Exo43 C evolves into a cost-efficient solution capable of resolving complex SVs at base-pair 44 accuracy. Through several case studies, we demonstrate how Exo-C's multifaceted 45 application can effectively uncover diverse causative variants and elucidate disease 46 mechanisms in patients with rare disorders.

У большинства женщин патогенные варианты на Х-хромосоме не проявляются либо проявляются в ослабленной форме, поскольку они являются гетерозиготами по патогенному варианту и одна из Х-хромосом у женщин всегда инактивирована. Но 15–20% генов на Х-хромосоме человека избегают инактивации и экспрессируются с обеих хромосом. У пациентки в возрасте 11 лет с энцефалопатией сочетанного генеза и задержкой речевого развития стандартным цитогенетическим анализом была выявлена дупликация на длинном плече Х-хромосомы. С помощью хромосомного микроматричного анализа мы уточнили локализацию перестройки: arr[GRCh38] Xq22.3q25(104563898_122794771)х3. Дупликация имела размер 18 млн п.н. У пациентки наблюдалась экстремально асимметричная инактивация Х-хромосомы (95%). В районе дупликации локализовано 9 генов, избегающих инактивации. Избыточная доза гена ALG13, патогенные варианты в котором ассоциированы с энцефалопатией развития и эпилептической энцефалопатией 36, может быть причиной клинических симптомов у пациентки. 

Введение. Подавляющее большинство обнаруженных на данный момент миссенс-вариантов имеет неизвестное клиническое значение. В связи с этим классификация таких вариантов является актуальной проблемой медицинской генетики, поскольку невозможность установить клиническую значимость варианта затрудняет диагностику наследственных болезней, а также разработку или применение существующих терапевтических стратегий. В данной работе использован новый биоинформатический инструмент AlphaMissense для оценки эффективности классификации вариантов в гене TCF4. Цель: прогнозирование патогенного эффекта всех возможных миссенс-вариантов в гене TCF4 с помощью инструмента AlphaMissense, основанного на машинном обучении, и оценка способности классификации вариантов данным инструментом с использованием ROC-анализа. Методы. Для создания и анализа данных, рассматриваемых в работе, были использованы среда разработки Google Colab, язык программирования Python v3.10, библиотеки Biopython для работы с биологическими последовательностями, scikitlearn для проведения ROC-анализа. В качестве референса была использована последовательность гена TCF4 из геномной сборки версии GRCh38.p14 (транскрипт NM_001083962.2), содержащаяся в базе данных NCBI. Были созданы 1241319 вариантов однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), среди которых 6906 вариантов находятся в кодирующей последовательности, из них 3747 были определены, как миссенс-варианты. Аннотация полученных данных производилась по базам данных ClinVar и AlphaMissense с использованием инструмента OpenCRAVAT. Из всех обнаруженных миссенс-вариантов оценку AlphaMissense получили 979 варианта, из которых всего 101 вариант был указан в базе данных ClinVar. Результаты. При сравнении показателей чувствительности (Se), специфичности (Sp), а также графиков ROC-кривых и значений показателей площади под кривой (AUC) явное отличие имеет оценка классификации SNP, как вероятно патогенных (AUC = 0,81, Se = 0,68, Sp = 0,78). Она может быть использована как дополнительный критерий при определении клинической значимости вариантов в диагностике синдрома Питта-Хопкинса. И напротив, классификация вариантов как вероятно доброкачественных или неопределенных не обладает достаточными чувствительностью и специфичностью, а показатели AUC характеризуют их как модели со средним качеством. Таким образом, варианты, вошедшие в эти группы, требуют дополнительной переоценки другими инструментами. Заключение. Измеренные показатели показывают, что лучше всего инструмент AlphaMissense определяет вероятно патогенные варианты. Однако стоит с сомнением относиться к вариантам, определенным как вероятно доброкачественные или неопределенные и делать проверку с использованием других инструментов. Варианты, полученные в ходе искусственного мутагенеза и оцененные как вероятно патогенные, но не указанные в базах данных, могут быть полезны при определении ранее неизвестных вариантов в гене TCF4 и помочь в диагностике и разработке терапии ассоциированных заболеваний. Ключевые слова: миссенс-варианты, биоинформатика, ROC-анализ, TCF4, синдром Питта-Хопкинса.

Мукополисахаридоз тип IIIС (МПС IIIС, синдром Санфилиппо) − наследственное заболевание, обусловленное патогенными вариантами в гене HGSNAT, который кодирует лизосомный фермент альфа-глюкозаминид N-ацетилтрансферазу. Характерный фенотип является первичным показанием для направления на биохимическую диагностику болезней накопления и последующее молекулярногенетическое исследование. Пациент наблюдался с задержкой психомоторного развития, аутоподобным поведением. При внешнем осмотре обращали на себя внимание грубые черты лица, долихоцефалическая форма черепа, жесткие темные волосы, густые брови, выпяченная нижняя губа, короткая шея, гипертрихоз, цилиндрическая грудная клетка, пупочная грыжа, длинные руки, плосковальгусные стопы. При осмотре психиатром выявлена задержка психо-речевого и моторного развития, аутоподобное поведение. По результатам биохимической диагностики выявлено повышение общей концентрации гликозаминогликанов. По результатам одномерного электрофореза гликозаминогликанов выявлена повышенная экскреция гепарансульфата с мочой. При молекулярногенетическом исследовании обнаружены два патогенных варианта c.848C>T и c.743+1del в гене HGSNAT, унаследованные от родителейносителей. На основании клинических данных, результатов биохимического и молекулярно-генетического исследования поставлен диагноз «Мукополисахаридоз тип IIIС». Клинический случай демонстрирует МПС IIIС с характерными фенотипическими признаками и поражением центральной нервной системы. Представленный случай демонстрирует необходимость установления генетического диагноза наследственной патологии в семье для дальнейшего планирования деторождения.

Введение. Определение хромосомного дисбаланса имеет важное клиническое и биологическое значение при спонтанном прерывании беременности. Оно необходимо для установления причины невынашивания, исключения наследственных факторов, дальнейшего генетического консультирования, а также для понимания механизмов формирования хромосомных аномалий. Золотым стандартом анализа кариотипа является микроскопический анализ хромосом после GTG-окрашивания. Однако этот метод имеет ограничения, так как зависит от митотической активности клеток и наличия хорошо визуализированных хромосом. Альтернативным цитогеномным подходом для определения хромосомного дисбаланса может быть полногеномное секвенирование с низким покрытием и его модифицированные алгоритмы для сверхнизкого покрытия, применяемые для детекции анеуплоидий и крупных вариаций числа копий. Цель: провести полногеномное секвенирование со сверхнизким покрытием для молекулярного кариотипирования спонтанных и медицинских абортусов. Методы. В работе использовался некультивируемый материал экстраэмбриональной мезодермы спонтанных и медицинских абортусов. Молекулярное кариотипирование выполнено методом полногеномного секвенирования со сверхнизким покрытием. Полученные результаты верифицировались посредством флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) и ПЦР в реальном времени. Результаты. Среди спонтанных абортусов анеуплоидии были выявлены в 25 из 71 (35,2%) случая, наиболее частыми нарушениями оказались трисомии по аутосомам (92%), в то время как аномалии числа половых хромосом были выявлены в 8% случаев. Полиплоидия была выявлена в 4 из 71 случая (5,6%), что дало суммарную частоту встречаемости хромосомных аномалий 40,8%. Выводы. Определение эффективности и специфичности полногеномного секвенирования со сверхнизким покрытием для обнаружения анеуплоидий показало значения в 100% для обоих показателей в контрольных группах. Подтверждение аномалий кариотипа спонтанных абортусов референсными методами показало, что полногеномное секвенирование со сверхнизким покрытием эффективно в диагностике анеуплоидий при отсутствии альтернативных методов. Ключевые слова: Спонтанный аборт, полногеномное секвенирование со сверхнизким покрытием, кариотипирование, невынашивание беременности, хромосомные аномалии, FISH.

Известно, что плацента нормально развивающихся эмбрионов человека I триместра беременности, плодов II и III триместров обогащена CNV. Предполагается, что данное свойство необходимо для успешного функционирования органа и протекания беременности. В то же время, в плацентах спонтанных абортусов (СА) выявляются патогенные вариации, ассоциированные с известными микроделеционными и микродупликационными синдромами. Однако эти данные получены на ДНК, выделенной из общего пула клеток плаценты, в то время как плацентарные ткани в I триместре можно разделить на цитотрофоласт хориона (ЦХ) и экстраэмбриональную мезодерму (ЭМ), происходящие из разных зародышевых листков. Изучение этих двух тканей позволит проследить распределение CNV в плаценте, установить de novo варианты, возникшие после разделения зародышевых листков, а при наличии ДНК обоих родителей – выделить унаследованные CNV. В данном исследовании впервые ЦХ и ЭМ (34 СА), а также ДНК родителей (17 пар) были изучены на микрочипах Agilent 180K. CNV были обнаружены в одной или обеих исследованных тканях у 21 (62%) СА. Всего выявлено 226 вариаций, из которых 126 (56%) обнаружены в одной из тканей (75 в ЦХ (33%) и 51 в ЭМ (23%)); одновременно в обеих присутствовало 100 CNV (44%). В ЦХ варианты встречались в 1,5 раза чаще, по сравнению с ЭМ. Соотношение de novo и унаследованных CNV составило 3:1. Патогенные и вероятно патогенные вариации присутствовали либо в обеих тканях, либо только в ЦХ.

Вариации числа копий участков ДНК (CNV) являются причиной интеллектуальных нарушений, расстройств аутистического спектра, синдрома дефицита внимания и гиперактивности, а также других поражений нервной системы. Те же самые патогенные CNV могут наследоваться от здоровых родителей, а также встречаются у внутриутробно погибших зародышей человека, поднимая вопрос о неполной пенетрантности и плейотропных свойствах некоторых вариаций. В данной работе мы сообщаем о случае моногенной микродупликации в регионе 2q23.1, содержащей ген MBD5, унаследованной от здорового отца, и рассматриваем возможную ассоциацию данной микроструктурной хромосомной аномалии не только с рождением больного ребенка в семье, но и с неразвивающейся беременностью у его матери.

Цель исследования. Оценить частоту и степень выраженности различных клинических проявлений болезни Паркинсона (БП) в зависимости от полиморфизма rs6265 гена BDNF. Материал и методы. В исследовании приняли участие 533 пациента с БП. Стадию БП оценивали по шкале Хен и Яра, степень двигательных нарушений — по шкале MDS-UPDRS. Оценка немоторных нарушений БП проводилась с использованием валидизированных опросников и шкал: шкала оценки депрессии Бека II, госпитальная шкала оценки тревоги и депрессии, шкала апатии, Монреальская шкала оценки когнитивных функций, анкета для оценки импульсивно-компульсивных расстройств при БП с оценочной шкалой. Генотипирование полиморфного варианта гена BDNF (rs6265) выполнено методом ПЦР в режиме реального времени с использованием зондов TaqMan. Результаты. У большинства пациентов с БП встречается сочетание немоторных симптомов, количество которых увеличивается по мере прогрессирования заболевания и определяется молекулярно-генетическими особенностями индивидуума. Установлены статистически значимые различия в выраженности моторных и немоторных нарушений: у индивидов с генотипом AA были выявлены достоверно выраженные двигательные нарушения (p<0,0001), эмоционально-аффективные (p<0,0001), когнитивные и импульсивные поведенческие расстройства (p<0,0001). Заключение. Исследование показало, что аллель rs6265 BDNF (A) ассоциирован с широким спектром немоторных симптомов, увеличивая риск их развития у пациентов с БП, таким образом, играя важную роль в патогенезе данной патологии.

Highlights The atherosclerotic process is caused by phenotypic heterogeneity and cellular plasticity of the immune system and vascular wall. Somatic mutations and clonal hematopoiesis with uncertain potential demonstrate a close association with cardiovascular diseases and acute vascular events. Abstract The last decade of cardiogenetic studies focused on inherited germline mutations. Recently researchers demonstrated a significant role of cellular heterogeneity, somatic mosaicism, and clonal hematopoiesis in the risk of coronary disease and acute vascular disorders. Up-to-date technologies, such as single-cell sequencing and mass cytometry, have made it possible to reveal fundamentally new mechanisms for the development of cardiovascular diseases. This review discloses cutting-edge data on atherosclerosis and vascular disorders, focusing on cellular heterogeneity, somatic mosaicism, and clonal hematopoiesis.

Выявлено гипометилирование пяти CpG-сайтов в 5'-регионе гена TBX20 (локус 7p14.2) в тканях атеросклеротической бляшки аорты по сравнению с ее дилатированным участком у больных с аневризмой восходящей аорты. С привлечением внешних данных мы установили, что при диссекции аорты и атеросклерозе аорты уровень метилирования ДНК региона chr7:35253926-35262250 изменяется разнонаправленно. Полученные результаты свидетельствуют об изменении эпигенетической регуляции как при атеросклеротическом поражении аорты, так и при ее аневризме.

Детальная характеристика разнообразия, клональности и антигенной специфичности репертуара Т-клеток способствует пониманию роли адаптивного иммунного ответа в широком спектре заболеваний, включая атеросклероз артерий. В статье рассматриваются вопросы дифференцировки Т-лимфоцитов и факторов, приводящих к их активации при атеросклерозе. Также обсуждаются данные, полученные в ходе анализа Т-клеточного репертуара при атеросклеротическом поражении сонных и коронарных артерий с использованием новых технологий секвенирования, таких как технология секвенирования "единичных клеток". Отдельно подчеркивается важность и особенность изучения разнообразия субфенотипов Т-лимфоцитов, их антигенной специфичности и взаимодействия с другими клетками при атеросклерозе. Цель настоящего обзора заключалась в обобщении данных исследования Т-клеточного иммунного ответа при атеросклерозе, полученных в ходе секвенирования Т-клеточного рецептора, в т.ч. на основе технологии секвенирования "единичных клеток". 

Атеросклероз и аневризма аорты – относительно частые патологические состояния, которые длительное время протекают бессимптомно и приводят к жизнеугрожающим и инвалидизирующим осложнениям. Представлены результаты анализа метилирования ДНК в различных участках восходящей аорты (дилатированном, в нерасширенной области и в атеросклеротической бляшке) у пациентов с аневризмой аорты. Метилирование ДНК определяли методом бисульфитного секвенирования ограниченных наборов геномных локусов (RRBS). Выявлены различия в уровне метилирования двух CpG-сайтов гена NR2F1-AS1 (|Δβ| ≥ 0.2 и FDR < 0.05) в дилатированной и нормальной ткани аорты. В образцах атеросклеротических бляшек и тканях дилатированной/нормальной аорты обнаружено 586/480 дифференциально метилированных CpG-сайтов: в атеросклеротических бляшках гиперметилированы 323/234 и гипометилированы 263/246 CpG-сайтов. Дифференциально метилированные CpG-сайты локализованы в основном в интронах и межгенных регионах, 88.2% – в сайтах связывания факторов транскрипции, среди которых ZNf263, ZFP148, PATZ1, NRF1, TCF12, EGR1 связаны с патогенезом атеросклероза различных артерий, а ELK1, ETS1, KLF15 – с аневризмой аорты. Шестнадцать дифференциально метилированных CpG-сайтов локализованы в области генов CMIP, RPH3AL, XRCC1, GATA5, EXD3, KCNC2, HIVEP3, ADCY9, CDCP2, FOLR1, WT1, MGMT, GAS2, CA1, PRSS16, ANK3, белковые продукты которых вовлечены в развитие как расслоения аорты, так и атеросклероза сосудов различных бассейнов. Белковые продукты этих генов участвуют в различных биологических процессах, в том числе в развитии мезенхимы (GO:0060485, FOLR1, WT1, GATA5, HIVEP3, KCNC2) и регуляции метаболизма ДНК (GO:0051054, MGMT, WT1, XRCC1).

Существует целый ряд патологических состояний, сопровождаемых сниженными показателями Т- и В-лимфоцитов. Оценка этих показателей является жизненно важной для новорожденных, так как без своевременной диагностики и терапии нарушение иммунитета может привести к инфекционным заболеваниям с тяжелым течением, инвалидизации и высокой летальности. Цель исследования заключалась в разработке высокочувствительного и прецизионного метода для подсчета количества наивных Т- и В-лимфоцитов на основе определения эксцизионных кольцевых молекул ДНК TREC и KREC методом цифровой ПЦР. В результате был разработан специфический набор праймеров и проб, позволяющий с высокой точностью определять количество молекул TREC и KREC, а также проводить подсчет количества ядросодержащих клеток. Предложенная методика демонстрирует высокую диагностическую специфичность и чувствительность. Методика может быть применена как скрининговая диагностика иммунодефицитных состояний новорожденных, так и для оценки иммунного статуса у взрослого населения при различных иммунопатологических состояниях.

Введение. Эпигенетические процессы, такие как метилирование ДНК, играют важную роль в поддержании нормальной беременности и могут нарушаться при самопроизвольном аборте. Ранее нами был обнаружен повышенный уровень метилирования ретротранспозона LINE-1, составляющего около 17% генома человека, в ворсинах хориона спонтанных абортусов. Цель: анализ уровня метилирования ретротранспозона LINE-1 в ворсинах хориона в эмбрионах из семей со спорадическим и привычным невынашиванием беременности. Методы. В настоящем исследовании проведен анализ различий уровня метилирования в ворсинах хориона 46 медицинских абортусов (группа сравнения) и спонтанных абортусов из 155 семей со спорадическим и 127 семей с привычным невынашиванием беременности. Уровень метилирования LINE-1 был оценен методом таргетного бисульфитного массового параллельного секвенирования. Результаты. Не было обнаружено значимых различий уровня метилирования LINE-1 между группами с привычным и спорадическим невынашиванием беременности (p>0,05). Однако уровень метилирования LINE-1 был значимо выше по сравнению с медицинскими абортусами (40,2 ± 2,2%) у спонтанных абортусов с моносомией X из семей с привычным (42,0 ± 4,5%, p=0,04) и спорадическим невынашиванием беременности (43,1 ± 5,2%, p=0,03) и у спонтанных абортусов с трисомией 16 из семей со спорадическим невынашиванием беременности (43,1 ± 3,9%, p<0,001). Заключение. Нарушение уровня метилирования LINE-1 может быть маркером гибели части эмбрионов как при спорадическом, так и при привычном невынашивании беременности.