В статье рассматриваются генетические ассоциации метаболического воспаления при ожирении, его формах и осложнениях. Материалы и методы исследования: ассоциативный генетический анализ включил 112 детей с ожирением: 51 (45%) мальчик (средний возраст 13,03±1,56 (12-14) лет) и 61 (55%) девочка (средний возраст 12,85±1,31 (12-14) лет). Пациентам проведено молекулярно-генетическое тестирование полиморфизмов генов-модификаторов иммунного ответа семейства интерлейкина 1 (VNTR полиморфизм гена IL1RN, IL1B (rs1143634)) и фактора некроза опухоли (TNFA*G-308A (rs1800629)). Результаты: в нашем исследовании не было получено ассоциации изучаемых полиморфизмов генов-модификаторов иммунного ответа семейства интерлейкина 1 (VNTR полиморфизм гена IL1RN, IL1B (rs1143634)), TNFA*G-308A (rs1800629) с ожирением, его формами (абдоминальное, неабдоминальное), нарушением углеводного обмена (нарушение толерантности к глюкозе, инсулинорезистентность), а также повышением уровня холестерина и триацилглицеридов. Выявлено, что дети, страдающие ожирением с высокими показателями ЛПНП и низким уровнем ЛПВП, реже являются носителями аллеля А1 гена IL1RN*VNTR (р=0,034) и генотипа А1А1 гена IL1RN*VNTR (р=0,053).

В обзоре представлена информация о средовых факторах, влияющих на уровень miR-638 в организме человека, потенциальных генах-мишенях данной микроРНК (по TargetScanHuman), заболеваниях и метаболических путях, для которых среди ассоциированных генов избыточно представлены гены, потенциально регулируемые miR-638, а также клинические и экспериментальные данные, подтверждающие вовлеченность miR-638 в развитие широкого спектра многофакторных заболеваний. Приведенные в обзоре сведения расширяют представления о патогенезе различных болезней многофакторной природы и определяют новые стратегии изучения ген-средовых взаимодействий, значимых для формирования здоровья.

Исследовали влияние γ-излучения на степень повреждений ядерной ДНК проростков лука (Allium-test) методом ДНК-комет. Впервые обнаружили разрывы ДНК в клетках проростков лука при малых дозах облучения (≤0,1 Гр). Для дозовой зависимости параметров повреждений ДНК отмечен нелинейный характер: линейный участок в области малых доз (до 0,1 Гр) и дозонезависимое плато в диапазоне доз от 1 до 5 Гр. Полученные данные позволяют использовать метод ДНК-комет для оценки биологического действия малых доз γ-излучения на проростки Allium cepa.

The prevalence of non-motor symptoms (NMS) and the association between various motor and non-motor symptoms and quality of life in patients with Parkinson's disease (PD) in the Tomsk region were studied. Each PD patient had eight different individual NMS on average. The most common among them were constipation, depression, sleep disturbance anxiety, apathy, and impulsive behavioral disorders. There was a significant association between the quality of life and severity of anxiety, depression, apathy, UPDRS III assessment, Hoehn and Yahr scale stage, disease duration, and levodopa equivalent dosage.

Проведено изучение распространенности немоторных симптомов, а также связи между различными моторными и немоторными симптомами и качеством жизни у пациентов с болезнью Паркинсона (БП) в Томской области. В результате обследования у каждого пациента с БП в среднем было зарегистрировано восемь различных немоторных симптомов. Наиболее частыми среди них были: констипация, депрессия, нарушение сна, тревога, апатия и импульсивные поведенческие расстройства. Наблюдалась значительная связь качества жизни с выраженностью тревоги, депрессии, апатии, оценкой UPDRS III, стадией Хен и Яра длительностью заболевания и эквивалентной дозировкой леводопы.

We conducted a replicative associations analysis of the single-nucleotide polymorphisms of 4 most significant genes of hereditary thrombophilia with the development of preeclampsia (PE) in the Yakut population: rs1801133 (C677T) in the MTHFR gene, rs1799963 (G20210A) in the F2, rs6025 (G999A) in the F5 gene and rs1799889 (-675 4G/5G) in the SERPINE1 gene. The results of this study indicate a statistically significant association of 4G allele of polymorphic variant rs1799889 (-675 4G/5G) in the SERPINE1 gene in formation of a hereditary predisposition to the development of this pregnancy complication in Yakuts, both in the general group of patients and in the subgroup of patients with severe PE.

Проведен репликативный анализ ассоциаций однонуклеотидных полиморфных вариантов четырех наиболее значимых генов наследственной тромбофилии с развитием преклампсии (ПЭ) в популяции якутов: rs1801133 (C677T) гена MTHFR, rs1799963 (G20210A) гена F2, rs6025 (G1691A) гена F5 и rs1799889 (-675 4G/5G) гена SERPINE1. Результаты исследования свидетельствуют о статистически значимой ассоциации аллеля 4G полиморфного варианта rs1799889 (-675 4G/5G) гена SERPINE1 с формированием наследственной предрасположенности к развитию данного заболевания у якутов как в общей группе больных, так и подгруппе пациенток с тяжелой степенью ПЭ.

In the present study the variability of the GWAS-identified SNP allele frequencies associated with BMI and obesity was studied. The results of our study were compared with data on 20 populations from the international project “1000 Genomes”. Genetic markers that make the greatest contribution to the genetic differentiation of populations were identified.

В представленном исследовании в популяционной выборке якутов изучена изменчивость частот аллелей однонуклеотидных полиморфизмов, ассоциированных с ИМТ и ожирением, по данным GWAS. Полученные результаты сопоставлены с данными по 20 популяциям из международного проекта «1000 геномов». Выявлены генетические маркеры, вносящие наибольший вклад в генетическую дифференциацию популяций.

Recurrent pregnancy loss (RPL) is a severe reproductive pathology with a significant component of unexplained etiology. Extended homozygous regions as a possible etiological factor for RPL were sought in the genomes of embryos. Twenty-two paired first-trimester spontaneously aborted embryos from eleven women with recurrent miscarriage were analyzed. All embryos had normal karyotypes according to metaphase karyotyping and conventional comparative genomic hybridization. SurePrint G3 Human CGH + SNP 4 x 180K microarrays (Agilent Technologies) were used to search for homozygous regions. As a result, 39 runs of homozygosity (ROH) were identified in extraem-bryonic tissues of 15 abortuses. Verification of recurrent homozygous regions was performed by Sanger sequencing. The presence of occasional heterozygous SNPs was shown in 25 extended ROHs, which may indicate that they did not arise de novo but were inherited from parents. In the course of inheritance in a series of generations, they may accumulate mutations, leading to heterozygosity for several sites in the initially homozygous population-specific regions. Homozygotization of recessive mutations is one of the putative mechanisms of the influence of such inherited ROHs on RPL development. The high frequency of extended ROHs detected in the present study may point to a role of inbreeding in RPL etiology. Homozygous regions may also occur due to uniparental disomy, and abnormalities of genomic imprinting may be another mechanism responsible for the pathological manifestation of ROHs in embryogenesis. Indeed, five predicted imprinted genes were identified within ROHs according to the Geneimprint database: OBSCN, HIST3H2BB, LMX1B, CELF4, and FAM59A. This work reports the first finding of a high frequency of extended ROHs in spontaneously aborted embryos with normal karyotypes from families with RPL.

Привычное невынашивание беременности является тяжелой репродуктивной патологией, при этом почти в половине случаев его этиология остается невыясненной. В настоящей работе проведено исследование протяженных гомозиготных районов (runs of homozygosity - ROH) в геноме как возможного этиологического фактора в развитии привычного невынашивания беременности. Всего проанализировано 22 парных абортуса первого триместра беременности от 11 женщин с привычным невынашиванием беременности. У всех абортусов был нормальный кариотип по результатам метафазного кариотипирования и сравнительной геномной гибридизации на метафазных пластинках. Для поиска гомозиготных регионов были использованы микрочипы SurePrint G3 Human CGH + SNP 4 x 180K (Agilent Technologies). В результате в экстраэмбриональных тканях 15 абортусов выявлены 39 гомозиготных областей. Для образцов с повторяющимися ROH была проведена верификация с помощью секвенирования по Сэнгеру. Для 25 протяженных ROH было показано наличие единичных гетерозиготных SNP, что может свидетельствовать в пользу того, что они образуются не de novo, а наследуются от родителей. При этом в ходе наследования в ряду поколений в них могут накапливаться мутации, приводящие к гетерозиготизации изначально гомозиготных участков генома. Один из возможных механизмов влияния таких унаследованных ROH на патогенез привычного невынашивания беременности - гомозиготизация рецессивных мутаций. Высокая частота длинных ROH, обнаруженная в настоящем исследовании, указывает на роль инбридинга в этиологии привычного невынашивания беременности. Гомозиготные области могут возникать также из-за однородительскои дисомии, следовательно, аномалии геномного импринтинга могут быть другим механизмом, ответственным за патологическое проявление гомозиготных районов в эмбриогенезе. В составе обнаруженных регионов гомозиготности в соответствии с базой данных Geneimprint было выявлено пять предположительно импринтированных генов: OBSCN, HIST3H2BB, LMX1B, CELF4 и FAM59A. В результате проведенного исследования впервые показана высокая частота длинных ROH в тканях спонтанных абортусов с нормальным кариотипом из семей с привычным невынашиванием беременности.

In this research, we present an overview of the biometals content in serum and hair samples taken from children with autism spectrum disorder (ASD). Under the observation were 38 children with ASD (age 7.9 ± 2 years). The comparison group included 20 children without ASD symptoms (age 7.7 ± 2 years). We found elevated levels of magnesium and phosphorus (4.3 and 2.8 times), as well as iron and selenium deficiencies in hair samples collected from children with ASD. Children with ASD had a statistically significant excess cadmium content in the hair compared with the control group (U = 91, p = 0.038); an excess of toxic elements (aluminum, mercury, cadmium) was detected in the blood serum of children with ASD. It was found that the level of elements essential for the functioning of the nervous and immune systems was lower, and the amount of toxic trace elements was significantly higher in children with ASD.

Изучено содержание биометаллов в образцах сыворотки крови и волос у детей с установленным диагнозом расстройства аутистического спектра (РАС). Обследованы 38 детей с РАС (средний возраст 7,9±2 лет) и 20 детей без симптомов РАС, вошедшие в группу сравнения (средний возраст 7,7±2 лет). В образцах волос, собранных у детей с РАС, обнаружены повышенное содержание магния и фосфора (в 4,3 и 2,8 раз), а также дефицит железа и селена. У детей с РАС зарегистрировано статистически значимое избыточное содержание кадмия в волосах по сравнению с контрольной группой ( U = 91, p = 0,038); в сыворотке крови у детей с РАС выявлен избыток токсичных элементов (алюминия, ртути, кадмия). Установлено, что у детей с РАС понижен уровень эссенциальных элементов, участвующих в функционировании нервной и иммунной систем, и статистически значимо повышено содержание токсичных микроэлементов.

Populations of the indigenous ethnic groups of Northern Eurasia are of considerable interest for population genomics, both because they have been relatively poorly studied with the use of modern genomic technologies and owing to the specificity of their gene pools that developed in various genetic-demographic conditions. We used genotype data on 242 179 autosomal SNPs of 876 individuals to search for regions with runs of homozygosity of more than 1 Mb. For Siberian populations, the number of runs of homozygosity and their total length was higher than for other populations of Northern Eurasia.

Популяции коренных этносов Северной Евразии представляют значительный интерес для популяционной геномики как в силу относительно слабой их изученности с привлечением современных геномных технологий, так и по причине специфичности их генофондов, развивавшихся в различных генетико-демографических условиях. Мы использовали данные генотипов по 242 179 аутосомным SNP у 876 человек для поиска регионов высокой гомозиготности протяженностью более 1 Mb. Для популяций Сибири обнаружено большее общее количество и большая суммарная длина регионов высокой гомозиготности, чем для других исследованных популяций Северной Евразии.