X chromosome genetic markers are widely used in basic population genetic research as well as in forensic genetics. In this paper we analyze the genetic diversity of 62 X chromosome SNPs in 4 populations using multiplex genotyping based on multi-locus PCR and MALDI-TOF mass spectrometry, and report forensic and population genetic features of the panel of X-linked SNPs (XSNPid). Studied populations represent Siberian (Buryat and Khakas), North Asian (Khanty) and Central Asian (Kazakh) native people. Khanty, Khakas and Kazakh population demonstrate average gene diversity over 0.45. Only East Siberian Buryat population is characterized by lower average heterozygosity (0.436). AMOVA analysis of genetic structure reveals a relatively low but significant level of genetic differentiation in a group of 4 population studied (FST=0.023, p=0.0000). The XSNPid panel provides a very high discriminating power in each population. The combined probability of discrimination in females (PDf) for XSNPid panel ranged between populations from 0.99999999999999999999999982 in Khakas to 0.9999999999999999999999963 in Buryats. The combined discriminating power in males (PDm) varies from 0.999999999999999792 to 0.9999999999999999819. The developed multiplex set of X chromosome SNPs can be a useful tool for population genetic studies and for forensic identity and kinship testing.

The sex ratio in the first trimester of pregnancy shifts toward males due to increased elimination of female embryos. One reason for this phenomenon may be disruption of X chromosome inactivation. In this paper, we have analyzed the nature of the X chromosome inactivation in extraembryonic tissues of induced and spontaneous abortuses with 46,XX karyotype. Both equiprobable and asymmetric inactivation have been found in chorionic cytotrophoblast from spontaneous and induced abortuses. In the extraembryonic mesoderm of the control group of embryos, only equiprobable inactivation has been found, whereas this parameter was shifted in 15% of spontaneous abortions. The highest incidence of the selective inactivation of one of the parent homologues was found in the group with a lack of development of embryos and embryos from women with recurrent miscarriages. One of the reasons for the observed results can be compartmentalization of cells in the blastocyst leading to the nonrandom redistribution of cells and the predominance in the inner mass of cells with an active X chromosome with aberrations incompatible with normal embryonic development.

Introduction: Long-term levodopa treatment of Parkinson’s disease (PD) is frequently complicated by spontaneously occurring involuntary muscle movements called dyskinesia. The exact pathological mechanism of this complication has not yet been elucidated. We have previously demonstrated that in PD patients the vulnerability to develop peripheral but not orofacial dyskinesia is associated with the presence of two variants of the GRIN2A gene. Moreover, we have shown that in tardive dyskinesia (TD) orofacial dyskinesia is associated with other polymorphisms as compared with peripheral dyskinesia. In the present study we investigate whether the peripheral versus orofacial nature of levodopa-induced dyskinesia (LID) in PD can be explained by considering polymorphisms for dopaminergic and serotonergic receptors. Materials and Methods: 101 Russian patients with PD (38M/63F) were examined. Genotyping was carried out on 19 SNPs for 3 neurotransmitter genes: 10 SNPs for DRD3 gene (rs11721264, rs167770, rs3773678, rs963468, rs7633291, rs2134655, rs9817063, rs324035, rs1800828, rs167771), 1 SNP for DRD4 gene (rs3758653), and 8 SNPs for HTR2C gene (rs6318, rs5946189, rs569959, rs17326429, rs4911871, rs3813929, rs1801412, rs12858300). Results: Genotyping patients with PD and LID revealed that only rs3773678 (DRD3, dominant, p = 0.042) was associated with orofacial dyskinesia. Conclusion: The findings of the current study are not related to LID in PD itself, but to other forms of orofacial dyskinesia in this patient group.

Генотоксическое действие ионизирующего излучения в ранний период эмбрионального развития может привести к фатальным последствиям. В то же время проблема радиочувствительности эмбриональных и экстраэмбриональных дифференцированных клеток зародышей человека остается слабо исследованной. В настоящей работе проведен анализ эффективности системы репарации двунитевых разрывов ДНК экстраэмбриональных фибробластов зародышей человека. Показано, что в экстраэмбриональных фибробластах способность к репарации радиационно-индуцированных повреждений ДНК, вероятно, отражает потенциал репарации спонтанных двунитевых разрывов ДНК.

Представлено клиническое описание наследственного заболевания обмена веществ, относящегося к группе пероксисомных болезней, - Х-сцепленной адренолейкодистрофии. Заболевание манифестировало в возрасте 7 лет 11 месяцев после периода нормального развития и привело к инвалидизации и летальному исходу в 11 лет. Диагноз заболевания пациенту был поставлен на стадии выраженной клинической симптоматики, в связи с чем назначенное лечение не было эффективно, а трансплантация гемопоэтических стволовых клеток не показана. На основании молекулярно-генетической диагностики семье даны рекомендации по пренатальной диагностике.

Фоновый уровень повреждений ДНК и радиочувствительность клеток человека характеризуются значительной межиндивидуальной вариабельностью. Фосфорилирование гистона H2AX ( H2AX) в клетках приводит к включению сигнальной системы, направленной на репарацию двунитевых разрывов ДНК, запуск клеточного старения и активацию контрольных точек клеточного цикла. При этом остается неясной природа фоновых фокусов H2AX и их влияния на клеточную радиочувствительность и эффективность восстановления радиационно-индуцированных повреждений ДНК в клетках человека. В работе у 54 здоровых индивидов проведен анализ связи фонового количества фокусов H2AX в лимфоцитах периферической крови с частотой индуцированных in vitro (2 Гр) центромеро-негативных и центромеро-позитивных микроядер. Обнаружена обратная корреляция между спонтанным количеством фокусов H2AX и уровнем центромеро-негативных микроядер после облучения. Соответствующие корреляции между спонтанным количеством фокусов белка 53BP1 и частотами центромеро-негативных микроядер оказались статистически незначимыми. Кроме того, клетки индивидов с высокой частотой радиационно-индуцированных микроядер характеризовались также низкой пролиферативной активностью. Эндогенные фокусы H2AX представляют собой собранные комплексы, состоящие из белков репарации двунитевых разрывов ДНК и сигнальных медиаторов, участвующих в активации компонентов контрольных точек клеточного цикла. По-видимому, у индивидов с низким спонтанным количеством фокусов H2AX система репарации радиационно-индуцированных двунитевых разрывов ДНК работает менее эффективно и большее число двунитевых разрывов ДНК после воздействия ионизирующего излучения остается нерепарированным. Это приводит как к нарушению клеточного деления в части клеток, так и к потере фрагментов хромосом в виде центромеро-негативных микроядер в ходе митоза в клетках, завершивших деление.

Проведен анализ ассоциаций потенциальных генетических маркеров генов цитокинов с различными фенотипами заболеваний, в основе которых лежит воспалительный процесс (хронический пиелонефрит, хроническое заболевание легких при муковисцидозе, нейтропеническая лихорадка при онкогематологических заболеваниях; сахарный диабет 1-го типа, целиакия, аутоиммунный тиреоидит; ожирение, снижение минеральной плотности костной ткани и остеопороз; онкогематологические заболевания) и их комплексными фенотипами (микробная модель воспаления; аутоиммунная модель воспаления; метаболическая модель воспаления; лимфопролиферативная модель воспаления). Для перечисленных фенотипов проведено молекулярно-генетическое тестирование 886 образцов ДНК. Получены новые данные об ассоциации генотипа А2А2 и аллеля А2 полиморфного варианта VNTR гена IL1RN с фенотипами: хронический пиелонефрит, хроническое воспаление легких при муковисцидозе, нейтропеническая лихорадка при онкогематологических заболеваниях и комплексным фенотипом «микробное воспаление». Полученные результаты могут быть полезны при прогнозировании предрасположенности к микробно-воспалительным процессам. (Цитокины и воспаление. 2015. Т. 14. № 1. С. 43–49.)

В статье представлены результаты ассоциативного исследования с туберкулезом легких 17 генов, обладающих широкой сферой компетенции, продукты которых информативны по отношению к развитию многофакторных заболеваний различной этиологии. Наибольшее число ассоциаций выявлено с геном NOS3 (в частности, с rs1799983) - зарегистрированы ассоциации как с туберкулезом легких в целом (p = 0,003), так и с его клиническими формами (p = 0,006), уровнем распада ткани (p = 0,029), эндофенотипами (0,002 ≤ p ≤ 0,033 для разных клинических признаков). С изученной патологией в целом ассоциированы также сочетания генотипов VNTR/rs1799983 (ген NOS3), rs3746190/rs11575926 (ген IL12RB1), rs909253/rs1800629 (гены LTA/TNF). Кроме того, с качественными и количественными признаками при туберкулезе легких ассоциированы полиморфные варианты генов TNF, LTA, TNFRSF1B, IL12RB1, IFNGR2, ADRB2, IL4R, GNB3. Ассоциативное исследование генов GNB3, PPP3R1, GATA4 с туберкулезом проведено впервые.

Арктическая зона Российской Федерации включает в полном объёме территории Мурманской области, Ненецкого, Ямало-Ненецкого и Чукотского автономных округов, а также частично Карелии, Республики Коми, Якутии, Архангельской области и Красноярского края. Её экономический потенциал, измеряемый триллионами долларов, создаётся не только крупными месторождениями углеводородов (нефти и газа), цветных металлов (золота, меди, никеля и др.), но и биологическими ресурсами Северного Ледовитого океана, уже сейчас стимулирующими изучение и систематизацию (биопроспектирование) молекул и генов морских организмов (охота за“золотыми” генами в Арктике).

Введение. Изучение генетической компоненты предрасположенности к ишемической болезни сердца (ИБС) относят к числу приоритетных направлений исследования ее этиологических факторов. Цель исследования. Изучение ассоциаций полиморфных вариантов генов модификации артериального давления (АД) и генов регуляции иммунного ответа с ИБС. Методы. С использованием ПЦР-ПДРФ-анализа охарактеризована изменчивость 22 функционально значимых полиморфных вариантов 15 генов (ADRB2, NOS3, ACE, AGTR1, GNB3, IL4, IL4R, IL12A, IL12B, IL12RB1, LTA, TNF, TNFRSFW, IFNG и IFNGR2) в выборке больных ИБС и контрольной группы. Результаты. К категории предрасполагающих к ИБС отнесены генотип TT по rs4291 гена ACE (отношение шансов - OR=5,26) и GG по rs1061622 гена TNFRSF1B (OR=6,63) - в обоих случаях реализуется рецессивная модель предрасположенности; а также СТ и ТТпо rs5443 гена GNB3 (0R=1,80) - в данном случае реализуется аддитивная модель предрасположенности к ИБС. Согласно величинам значений OR к категории неблагоприятных в отношении ИБС отнесены сочетания генотипов TT (rs4291) и GG (rs4343) гена ACE (0R=5,94), AG (rs909253) гена LTA и GG (rs1800629) гена TNF (0R=2,37); а к категории протективных - сочетания генотипов CC(rs3746190) и AG (rs11575926) гена IL12RB1 (0R=0,11) и CC(rs2070744) и AB(VNTR) гена NOS3 (0R=0,34). Заключение. Установлены статистически значимые различия между больными ИБС и популяционной выборкой по частоте аллелей и генотипов для rs4291 (АСЕ), rs1061622 (TNFRSF1B) и rs5443 (GNB3), по сочетаниям генотипов для замен в генах АСЕ, NOS3, TNF/ LTA, IL12RB1 и частоте гаплотипов (TNF/LTA).

Введение. Применение фармакогенетического тестирования позволяет повысить эффективность терапии антикоагулянтами, сократить время подбора дозы препарата и уменьшить число осложнений. Однако на индивидуальную чувствительность к антикоагулянтам могут оказывать влияние как генетические, так и негенетические факторы. Цель исследования. Оценка зависимости терапевтической дозы варфарина от возраста пациента, массы тела, роста, курения, приема кордарона или статинов, генетического статуса по полиморфным вариантам генов CYP2C9 (rs1799853, rs1057910) и VKORC1 (rs9923231) у больных с протезированными клапанами сердца и выявление степени корреляции между рассчитанной с помощью программы, представленной на сайте www.warfarindosing.org и фактической терапевтической дозой варфарина. Результаты. Из негенетических факторов наибольшее влияние на индивидуальную дозу варфарина оказывают рост пациента и наличие заболеваний печени. Наиболее существенный вклад в межиндивидуальную вариабельность дозы препарата вносят SNP (rs9923231) гена VKORC1 и сочетание генотипов VKORC1/CYP2C9*3, где наблюдаются наибольшие различия средних значений дозы препарата (мг/сут) между носителями различных генотипов ((GG - 5,94, AG - 4,25, АА - 3,61 для VKORC1 и GG/ AA - 6,15, AA/AC - 2,50 для VKORC1/CYP2C9*3). Показана высокая степень корреляции между рассчитанной с помощью программы и фактической терапевтической дозой варфарина (r=0,804). Для 17,1% пациентов выявлены различия между фактической и рассчитанной дозой препарата более чем на 1 ед. дозирования (от 1,2 до 6,9 мг/сут). Данная группа характеризовалась более высокой частотой носительства предковых генотипов АА (100%) гена CYP2C9*3 и GG (54,1) гена VKORC1. Заключение. При назначении варфарина необходимо особое внимание уделять носителям генотипов АА (CYP2C9*3) и GG (VKORC1). Необходимы дальнейшие исследования по выявлению генетических вариантов, ассоциированных с индивидуальной чувствительностью к варфарину у этих лиц.

Обсуждаются возможности выявления редкой наследственной патологии путем совершенствования медико-генетической помощи больным с врожденными пороками развития (ВПР). Представлен алгоритм диспансерного наблюдения пациентов с ВПР, представляющий собой схему взаимодействия специалистов учреждений здравоохранения с медико-генетической службой. Поднимаются вопросы своевременности медико-генетического консультирования, а также междисциплинарного взаимодействия специалистов.

Высокая частота встречаемости на территории Республики Саха одной из так называемых «якутских» болезней - мио-тонической дистрофии - привлекает внимание к изучению молекулярных основ её возникновения. В работе анализируется генетическая вариабельность локуса миотонинпротеинкиназы (DMPK) по спектру распределения тринуклеотидных (CTG) повторов в популяциях различного этнического происхождения, проживающих на территории Якутии, Сибири и Киргизии (якуты, русские, ханты, кеты, буряты и киргизы). Для каждой изученной популяции зафиксировано определённое количество триплетов. В популяции якутов наблюдается унимодальное распределение - аллели (CTG) 11-14 составили 89%. Показатель генетического разнообразия (H e) варьирует от 0,7321 у якутов до 0,8403 у хантов. Охарактеризован уровень подразделённо-сти популяций по CTG-повторам (F ST и R ST), равный соответственно 3,3% и 2,6%.

В настоящее время диагностические процедуры, не требующие инвазивного вмешательства, пользуются большой популярностью. При пренатальной диагностике подобные методы позволяют исключить риск причинения вреда здоровью матери и плода. В обзоре рассмотрены основные подходы, применяемые в настоящий момент при неинвазивной генетической пренатальной диагностике. Отдельное внимание уделено возможности использования разработанных методов в клинической практике в настоящее время и в ближайшей перспективе.

На основании собственного опыта и литературных данных рассматриваются современные подходы к молекулярно-генетической диагностике двух классических болезней геномного импринтинга - синдромов Прадера-Вилли и Энгельмана. Предложен алгоритм ДНК-диагностики этих синдромов.