Определен статус метилирования генов, белковые продукты которых участвуют в процессах клеточной пролиферации, в тканях сосудистой стенки больных атеросклерозом. Для тестирования использовались сонные и внутренние грудные артерии, большие подкожные вены нижних конечностей, различающиеся по морфофункциональным параметрам и подверженности к атеросклеротическому процессу. Анализ статуса метилирования ДНК осуществлялся с помощью микрочипа «Infinium HumanMethylation27 BeadChip» («Illumina», США), метилчувствительной и метилспецифической полимеразной цепной реакции. В результате при сравнении тканей сосудистой стенки впервые установлено дифференциальное метилирование 45 CpG-сайтов 36 генов. Наиболее существенные различия в уровне метилирования зарегистрированы в отношении отдельных CpG-динуклеотидов генов ALOX12, CARD11, DAB2IP, PTPRC, RASIP1, THRB, TLR4, TNFRSF9 и WNT16. Гипотеза эпигенетической дисрегуляции генов клеточного цикла ( CDKN2A (p16INK4a и p14ARF), CDKN2B (p15INK4b)) при атеросклерозе не нашла подтверждения.

Цель. Сравнительный анализ эффективности различных фармакогенетических алгоритмов дозирования варфарина, а также определение возможностей и ограничений стандартных генетических тестов для коррекции дозы варфарина в отдаленном послеоперационном периоде у 134 больных с протезами клапанов сердца, получающих антикоагулянтную терапию варфарином.

Материал и методы. Всем пациентам проводили генотипирование двух полиморфизмов гена CYP2C9: CYP2C9*2 (С430Т), CYP2C9*3 (А1075C) и гена субъединицы 1 комплекса эпоксидредуктазы витамина К VKORC1 (G-1639A). Для сопоставления эмпирических и расчетных доз варфарина использовали формулы Gadge BF, et al., Sconce EA, et al., Anderson JL, et al., Takahashi H, et al.

Результаты. У 54 (40%) пациентов с адекватными показателями международного нормализованного отношения (МНО) — 2,0–3,0, наибольшее соответствие получено между эмпирической дозой и рассчитанной по формуле Gadge BF, et al. У 49 (37%) пациентов с 2>МНО>3 обнаружено несоответствие эмпирической и расчетной доз варфарина, а у 31 (23%) — неадекватность избранного фармакогенетического алгоритма.

Тромбообразование и геморрагические осложнения в отдаленном постоперационном периоде у пациентов, принимающих антикоагулянты, остаются актуальными проблемами современной медицины. В настоящее время самым распространенным антикоагулянтом является варфарин, относящийся к группе антагонистов витамина К. Одной из причин развития патологической реакции на введение терапевтической концентрации препарата может быть индивидуальная особенность метаболизма этого ксенобиотика, детерминированная по соответствующим генам. Обзор литературы показывает, что значительную роль в формировании осложнений играют гены биотрансофрмации белков (CYP2C9) и молекулы-мишени (VKORC1). Однако на более точный подбор дозы препарата могут оказывать влияние целый спектр полиморфизмов.

Изучена выборка из 165 больных инфарктом миокарда (ИМ) с подъемом сегмента ST в отношении прогнозирования риска развития осложнений в течение года (рецидив нефатального ИМ или смерть). При анализе 32 полиморфных генетических вариантов с доказанной ролью в патогенезе различных сердечно-сосудистых заболеваний показано, что наилучшая модель стратификации пациентов с ИМ по риску осложнений включала варианты rs4291 (А-240Т) гена ACE, rs6025 (G1691A, лейденская мутация) гена F5 и rs5918 (Leu59Pro) гена IGTB3. Значение C-статистики для генетической модели составило 0,75 (0,64; 0,86) при р=0,001, что сравнимо с показателями шкалы GRACE для этой же группы пациентов: 0,73 (0,61; 0,85). Таким образом, показано, что анализ небольшого числа генетических маркеров достаточен для построения модели оценки риска развития осложнений ИМ, сравнимой по прогностической значимости с подходами, используемыми в настоящее время в клинической практике. Для подтверждения клинической ценности полученная модель должна быть апробирована на независимых выборках пациентов с ИМ. При анализе ассоциаций индивидуальных генетических маркеров с «конечными точками» показано, что носительство аллеля Т (генотипы АТ и ТТ) по варианту rs4291 гена АСЕ и генотип CG по варианту rs328 гена LPL являются факторами риска смерти в течение года после ИМ; лейденская мутация (rs6025) гена F5 связана с высоким риском развития повторного нефатального ИМ/смерти в течение года после ИМ; генотип СС полиморфного варианта rs10811661, располагающегося в локусе 9р21, оказывает протективный эффект в отношении рецидива ИМ/смерти в течение года.

Исследование подтверждает важность ADRB2 в развитии фенотипов тяжелой БА, тогда как ген М3-холинорецептора вносит важный вклад в формирование клинических вариантов ХОБЛ. Полученные новые данные могут служить основой для дальнейшего исследования функции β2-адренорецептора и М3-холинорецептора у пациентов с различными фенотипами БА и ХОБЛ с позиции объяснения клинической и терапевтической вариабельности заболеваний,  что в конечном счете позволит идентифицировать таргетные мишени фенотип-специфичной (персонифицированной) терапии.

Представлены результаты исследования по оценке связи полиморфных вариантов генов-кандидатов индивидуальной радиочувствительности человека с частотой и типом цитогенетических нарушений у здоровых работников Сибирского химического комбината, подвергавшихся профессиональному радиационному воздействию в дозе 100-300 мЗв. Генотипирование образцов ДНК 96 работников проводили на олигонуклеотидном микрочипе “Cancer_SNP_Panel GT-17-211” (“Illumina”), содержащем 1 421 SNP-маркера 406 генов. У всех обследованных был проведен стандартный цитогенетический анализ. Проведен анализ ассоциаций SNP с цитогенетическими показателями - частототами аберрантных клеток и следующих аберраций хромосом: хроматидных фрагментов, хроматидных обменов, парных фрагментов, точечных фрагментов, дицентрических хромосом, кольцевых хромосом, транслокаций. Установлено 40 SNP ( rs6083, rs1760904,  rs11249938, rs34206126, rs33945943, rs34324628,  rs978458, rs2162679,  rs1367696, rs751087, , , rs1800404, rs887477, rs696405, rs751087, rs8192284, rs312016), ассоциированных с частотой различных типов хромосомных аберраций (p-value с поправкой FDR Бенджамини–Хокберга < 0.05), из них 24 SNP (подчеркнуты) сопряжены более чем с одним типом хромосомных аберраций. В дальнейшем предполагается исследовать связь этих SNP с вышеперечисленными цитогенетическими показателями на выборке более 600 человек.

Изучена ассоциация однонуклеотидных полиморфных вариантов генов IFNG, IFNGR2, IL4, IL4RA, STAT2, STAT4, STAT5B, SOCS5, SOCS7, TBX21, PIASY, PIASX, PIAS3, влияющих на ТЫ/Пй-поляризацию и регуляцию иммунного ответа, с туберку­лёзом у представителей славянского населения Томской области. Впервые установлена ассоциация полиморфизма rs12756687 гена PIAS3 с первичным туберкулёзом и полиморфизма rs3760903 гена PIASY с туберкулёзом вторичного генеза. Выявленные ассоциации генных маркёров с заболеванием могут быть обусловлены влиянием соответствующих белков на баланс между Т111/Т112-поляризуюн1ими сигналами, определяя предрасположенность к различным клиническим формам туберкулёза. Предпо­лагаемая гипотеза нуждается в дальнейшей проверке.

Цель исследования: провести анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов регуляции иммунного ответа с бронхиальной астмой. Пациенты и методы. Проанализировано 10 однонуклеотидных замен генов IFNG (rs2069705), IFNGR2 (rs17880053), IL4 (rs2070874), IL4RA (rs1805010), GATA3 (rs10905277), TBX21 (rs11652969), PIASY (rs3760903), PIAS3 (rs12756687), STAT5ß (rs16967593), SOCS5 (rs6737848) путем полиморфизма длин рестрикционных фрагментов у 106 больных бронхиальной астмой и 115 здоровых индивидов. Результаты. С помощью логистической регрессии показана ассоциация полиморфизма rs6737848 гена SOCS5 с бронхиальной астмой в аддитивной и доминантной модели (р =0,05, OR =0,338, 95% CI 0,158—0,723; р =0,02, OR =0,284, CI 0,126—0,638, соответственно). Не обнаружено вклада полиморфизма исследованных генов в изменчивость уровня общего IgE. Выводы. Полученные данные свидетельствуют о патогенетической роли полиморфизма rs6737848 гена SOCS5 в отношении бронхиальной астмы.

В обзоре обобщены результаты исследований по определению доминирующих механизмов формирования и персистенции воспаления при тяжелой бронхиальной астме и результаты фармакогенетических исследований детерминации ответа на лекарственные средства. Данные механизмы в перспективе могут быть использованы как в диагностических целях, так и стать новыми таргетными мишенями терапии бронхиальной астмы. Применение фармакогенетической информации сделает возможным использование персонифицированного подхода к терапии бронхиальной астмы, что позволит скорректировать технологии ведения пациента и повысить вероятность достижения контроля болезни.

С помощью микрочипов Human Genome CGH Microarray Kits 4×44K и 8×60K (""Agilent Technologies"", США) был проведен поиск микроструктурных аберраций хромосом у 71 ребенка с задержкой развития или умственной отсталостью неясной этиологии. Хромосомные аберрации (микроделеции, микродупликации) и геномные вариации, которые могут иметь отношение к нарушению интеллектуального развития и пересекаются с регионами известных наследственных заболеваний или хромосомных синдромов, были выявлены у 14 (20%) детей. Эти наблюдения кратко описаны. В ходе исследования обозначены гены-кандидаты, расположенные в регионах аберраций и имеющие отношение к развитию и функционированию нервной системы.

Рассеянный склероз (РС) является классическим мультифакториальным заболеванием, в этиологии которого важную роль играет взаимодействие внешних факторов и особенностей структуры большого количества генов. Выявление факторов риска развития РС и создание комплексной модели патогенеза - актуальные задачи неврологии. Выявление истинных факторов риска возможно только в исследованиях с достаточным уровнем статистической мощности и как следствие с большим объемом выборок. В статье на примере данных об ассоциации полиморфных локусов гена CD40 и РС у жителей Российской Федерации продемонстрирована необходимость объединения данных разных исследователей-клиницистов для повышения мощности исследования.

Роведен сравнительный анализ связи между характером дисрегенераторных изменений, возникающих в смежном с опухолью бронхиальном эпителии, и развитием рецидивов плоскоклеточных и железистых карцином легкого. Проведенное исследование не выявило связи между такими параметрами первичного опухолевого процесса, как размер опухолевого узла, наличие лимфогенных метастазов, стадия процесса и рецидивирование плоскоклеточного рака и железистой карциномы легкого. Частота возникновения рецидивов при немелкоклеточном раке легкого находится в опосредованной связи с характером дисрегенерации респираторного эпителия в слизистой бронха вне опухоли. С высокой частотой рецидивы при плоскоклеточном раке и аденокарциноме легкого возникали в случаях сочетания базальноклеточной гиперплазии с плоскоклеточной метаплазией (БКГ+ПМ+).

Представлен краткий обзор эволюции взглядов на явление плейотропии; рассмотрены вопросы оценки значимости плейо-тропных эффектов в формировании патологических состояний человека, прежде всего многофакторных заболеваний (МФЗ). Плейотропные эффекты генов-кандидатов МФЗ проиллюстрированы на основании результатов собственных исследований авторов. Показана вовлеченность одних и тех же однонуклеотидных полиморфных вариантов (SNP) в детерминацию различных функциональных состояний организма, а также в формирование фенотипической вариабельности различных эндофенотипов при некоторых патологиях. Полученные результаты указывают на важность накопления знаний о функциональной роли генов и их полиморфных вариантов путем анализа ассоциаций с конечными фенотипами (болезнь), эндофенотипами, а также интегральными показателями оценки функционирования организма человека.

В обзоре обобщены результаты исследований по определению доминирующих механизмов формирования и персистенции воспаления при тяжелой бронхиальной астме (БА). По данным современных исследований, наиболее вероятные причинные факторы и молекулы, лежащие в основе формирования тяжелой БА и терапевтической резистентности, можно условно разделить на следующие группы: дисбаланс цитокинового профиля, феномен резистентности к глюкокортикоидам, ангиогенез и ремоделирование бронхов, детерминация иммунного ответа в направлении ТН2-звена. Данные механизмы в перспективе могут быть использованы в диагностических целях, а также стать новыми таргетными мишенями терапии БА.

Медицинская генетика. 2013. Т. 12. № 7 (133). С. 17-25.

Анемия Фанкони (АФ) представляет собой аутосомно-рецессивное наследственное заболевание, возникающее вследствие мутаций в одном из 16 генов. Ключевым геном АФ является FANCD2, входящий в кластер генов BRCA/FA, объединяющий гены-супрессоры опухолевого роста BRCA1/2 и гены АФ (FA). Продукты этих генов участвуют в передаче сигналов о хромосомных повреждениях клеточной системе репарации ДНК. В настоящей работе исследована связь мутаций в гене FANCD2 с клеточными процессами (миграцией, инвазией, адгезией) соседствующих раковых клеток. Обнаружена индукция экспрессии металлопротеиназ MMP-2, MMP-9, интерлейкинов IL-6, IL-8 и ряда факторов эпителиально-мезенхимальной трансформации в клетках с мутациями в гене FANCD2 и продемонстрирована зависимость такой индукции от активности промотора фактора транскрипции NF-kB.