Представлены данные об отягощенности наследственными моногенными болезнями основных этнических групп, проживающих в Республике Бурятия (буряты, русские). Обследовано население семи сельских районов (Джидинский, Еравнинский, Кабанский, Кижингинский, Курумканский, Кяхтинский, Окинский) и города Улан-Удэ. Показана неоднородность бурятского населения сельских районов по грузу аутосомно-доминантной и Х-сцепленной патологии, а также наличие дифференциации между городским и сельским населением в этой этнической группе в отягощенности аутосомно-доминантной, аутосомно-рецессивной и Х-сцепленной патологией. Отягощенность сельского бурятского населения по всем видам патологии выше, чем городского. Для русских, проживающих в сельской местности, различия в оценке отягощенности получены для аутосомно-доминантной и аутосомно-рецессивной патологии. В настоящем исследовании описан более высокий уровень отягощенности аутосомно-доминантной и Х-сцепленной патологии у бурят по сравнению с русскими.

Актуальность: Для пациентов с хромосомными заболеваниями характерен широкий клинический полиморфизм, причины которого разнообразны и не всегда ясны. Многообразие патологических признаков у пациента часто затрудняет постановку клинического диагноза. Использование стандартного цитогенетического анализа далеко не всегда позволяет выявить генетическую причину заболевания. Качество и точность диагностики значительно повышаются с применением высокоразрешающих полногеномных методов молекулярного кариотипирования. Цель: Целью работы являлось установление границ хромосомной мутации, приведшей к формированию кольцевой хромосомы 22, а также анализ гено-фенотипических корреляций у пациентки с задержкой психомоторного развития и множественными врожденными пороками. Материалы и методы: методом стандартного кариотипирования выявлена кольцевая хромосома 22. С использованием матричной сравнительной геномной гибридизации (860K, Agilent Technologies) диагностированы микроделеции 22q13.32-q13.33 и 3q13.31 размером 2024 млн п.н. и 382 т.п.н. соответственно. Результаты: У пациентки выявлены общие симптомы, характерные для обоих синдромов микроделеций 22q13.32-q13.33 (синдром Фелан-МакДермид) и 3q13.31 (задержка психомоторного развития и речи, признаки аутизма, выраженные лобные бугры, эпикант, аномалии ушной раковины), а также специфичные для микроделеции 3q13.31 (синдром дефицита внимания и гиперактивности, короткий, сглаженный фильтр, тонкая верхняя губа, вентрикуломегалия) и для микроделеции 22q13.32-q13.33 (агрессия, высокий рост, микроцефалия, мясистый кончик носа, крестцовокопчиковая ямка, аномалии развития ЦНС, судороги, нарушение сна, пороки сердца). Ранее не описанные ни при одной из выявленных микроделеций признаки включали: скошенный затылок, прямые брови, монголоидный разрез глаз, телекант, широкую запавшую переносицу, широкое пупочное кольцо, брахидактилию I и V пальцев кистей рук и всех пальцев ног, утолщенную дистальную фалангу больших пальцев кистей и стоп, плоско-вальгусную стопу. Выводы: Продемонстрирована значимость дополнительного молекулярного кариотипирования для пациентов с цитогенетически визуализируемой хромосомной патологией при наличии нетипичных для такой патологии клинических признаков.

Проведено исследование вариабельности 27 SNP, ассоциированных с иммунозависимыми заболеваниями и их эндофенотипами, в популяциях человека и связи уровня инфекционных и паразитарных болезней с генетической вариабельностью. Наибольшее число корреляционных связей локусов генов показано с лихорадкой денге, малярией и трипаносомозом - инфекционными болезнями вызываемыми вирусами и простейшими. Не обнаружено значимых корреляций для бактериальных инфекций (тиф, чума) и одного из гельминтозов (шистосомоз). Обнаружена тенденция к росту общего генетического разнообразия (средней ожидаемой гетерозиготности) по мере уменьшения суммарной нагрузки патогенами. Данные обсуждаются в рамках концепции деканализации иммунного ответа в ходе расселения современного человека.

Исследована генетическая структура шорских популяций и родов (сеоков) по маркерам Y-хромосомы. Результаты анализа частот гаплогрупп и YSTR-гаплотипов свидетельствуют, что шорские сеоки являются родственными объединениями, в большинстве случаев имеющими одного родоначальника по мужской линии. Показано, что генофонд шорцев, а точнее часть, маркируемая гаплогруппами Y-хромосомы, структурирована, прежде всего, по родовому принципу. Для подавляющего большинства образцов показана тесная генетическая близость представителей одного сеока.

Полиморфные варианты, располагающиеся в регуляторных последовательностях генов (rSNPs) играют значимую роль в развитии различных патологических состояний человека, изменяя уровень экспрессии кандидатных генов. Цель исследования - изучение генетической компоненты преэклампсии (ПЭ) по системе регуляторных полиморфных вариантов нового гена-кандидата CORO2A. В представленной работе изучено пять rSNPs. Исследование проводилось в различных этнических группах (русские, якуты, буряты). Полученные данные показали ассоциацию с развитием ПЭ двух rSNPs гена CORO2A : rs10985257 и rs735111. Результаты исследования могут свидетельствовать о значимой роли rSNPs нового гена-кандидата CORO2A в формировании вариабельности уровня экспрессии в плацентарной ткани при ПЭ и физиологично протекающей беременности.

Охарактеризована структура генофонда коренного населения Дагестана, принадлежащего к цезской группе народов нахско-дагестанской языковой семьи, по маркерам Y-хромосомы. Исследованы популяции представляющие цезов, гунзибцев, бежтинцев и гинухцев. Большинство пар сравниваемых выборок демонстрируют отсутствие статистически значимых различий между разными этносами по частотам гаплогрупп Y-хромосомы. Основными чертами генофонда исследованных народов Дагестана по гаплогруппам Y-хромосомы является очень низкое генетическое разнообразие за счет преобладания гаплогруппы J1. В различных популяциях наблюдаются сильные эффекты основателя.

В статье представлены результаты анализа генетических взаимоотношений популяций по панели 66 X-SNP маркеров Х-хромосомы, входящих в состав тест-системы для ДНК-идентификации XSNPid, а также результаты оценки идентификационного потенциала данной системы для популяций мира. В исследование были включены такие популяции, как: русские, тувинцы, буряты, казахи, хакасы, сибирские татары, ханты, жители штата Юта центрально-европейского происхождения, итальянцы, мексиканцы, японцы, хань, индийцы, афроамериканцы. Анализ показал, что генетические отличия исследованных популяций демонстрируют географическую структурированность, при этом тест-система XSNPid является наиболее информативной для популяций, относящихся к европеоидному расовому типу. Ключевые слова: популяционная генетика, ДНК-идентификация, Х-хромосома, однонуклеотидные полиморфные маркеры, XSNPid.

Актуальность. Несмотря на достигнутые успехи в расшифровке генетической компоненты ишемической болезни сердца (ИБС), только малая часть наследуемости заболевания была объяснена. В настоящее время существует небольшой ряд работ, которые изучают вариации по числу копий участков ДНК (copy number variation, CNV) при сердечно-сосудистой патологии. Цель. Оценка уровня CNV в хромосомном регионе 10q24.31 ( ERLIN1 ) в клетках коронарных артерий и лейкоцитов периферической крови (ЛПК) у больных с ИБС. Материалы и методы. Детекция CNV проводилась методом ПЦР в режиме реального времени с использованием TaqMan-зондов в образцах ДНК ЛПК (n = 110) и ДНК атеросклеротических бляшек из коронарных артерий (n = 33) у больных с ИБС, а также в образцах ДНК ЛПК здоровых индивидов (n = 100). Статистический анализ выполнялся с помощью стандартной кривой согласно методу Pfaffl. Результаты и выводы. Установлено, что среди больных ИБС амплификации хромосомного региона 10q24.31 ( ERLIN1 ) регистрировались в 3% случаев, тогда как у 1% здоровых индивидов обнаружена делеция анализируемого региона. Кроме того, у двух пациентов данная амплификация представлена только в ЛПК, но не в атеросклеротических бляшках коронарных артерий.

Актуальность. Одним из ключевых компонентов в развитии атеросклероза является нарушение липидного обмена. Однако роль эпигенетических механизмов в данном процессе изучена недостаточно. Цель. Характеристика вариабельности метилирования гена липазы PNPLA2 в клетках артерий различной локализации и лейкоцитах периферической крови при атеросклерозе. Материалы и методы. Оценка уровня метилирования ДНК в атеросклеротических бляшках коронарных и сонных артерий, а также стенке непораженных внутренних грудных артерий и лейкоцитах периферической крови выполнена методом бисульфитного пиросеквенирования. Статистический анализ полученных данных выполнен в программной среде R. Результаты и выводы. Для клеток артериальной стенки из области атеросклеротических бляшек коронарных артерий характерны более высокие уровни метилирования в промоторном регионе гена PNPLA2 по сравнению с непораженной стенкой внутренних грудных артерий. Уровень метилирования анализируемой области гена в лейкоцитах больных атеросклерозом ассоциирован с курением и приемом статинов.

Актуальность: гены TOMM40 и APOE расположены в одном локусе на хромосоме 19 (19p13). Анализ вклада полиморфизма этих генов в вариабельность клинически значимых показателей в популяции позволит оценить их роль в формировании заболеваний сердечно-сосудистой системы и их эндофенотипов. Цель: изучить полиморфизм восьми однонуклеотидных замен и политиминового (поли-Т) повтора в локусе TOMM40 / APOE в выборке здоровых индивидуумов и выявить ассоциации полиморфных вариантов с количественными показателями деятельности сердечно-сосудистой системы. Материалы и методы: в двух выборках индивидов, здоровых в отношении сердечно-сосудистых заболеваний (г.Томска, N = 183 и г.Кемерово. N = 183), были изучены полиморфизмы rs741780, rs2075650, rs1160985, rs157580, rs8106922, rs10524523 (поли-Т повтор) в гене TOMM40 и APOE: rs7259620, rs429358 и rs7412. Генотипирование проведено методами ПЦР в реальном времени и фрагментного анализа. Анализ ассоциаций с количественными признаками выполнен путем дисперсионного анализа и непараметрических критериев Манна-Уитни и Краскела-Уоллеса. Результаты. Получены оценки частот аллелей исследованных полиморфизмов у русского населения Западной Сибири, соответствующие характеристикам европеоидных популяций. Редкие аллели rs741780 и rs1160985 ассоциированы с более низкими уровнями триглицеридов (p = 0,031 и p = 0,044, соответственно); длинный аллель (L) поли-Т повтора rs10524523 ассоциирован с более высоким уровнем глюкозы (p = 0,027); rs7412 вносит вклад в вариабельность общего холестерола (р = 0,002) и липопротеидов низкой плотности (р = 0,006); rs2075650 ассоциирован с уровнями систолического артериального давления и липопротеидов низкой плотности в подгруппе мужчин (p = 0,026 и p = 0,002); генотип GG rs8106922 - с уровнем триглицеридов в подгруппе женщин (p = 0,036); rs429358 - с уровнем общего холестерола и липопротеидами низкой плотности (p = 0,002 и p = 0,006). Выводы. Полиморфизмы в локусе генов TOMM40/АРОЕ вносят вклад в изменчивость показателей липидного спектра, уровня глюкозы и артериального давления крови у русского населения Западной Сибири.

Актуальность. Аномальные изменения профилей метилирования ДНК в опухолевых клетках обладают высоким потенциалом для применения в качестве онкомаркеров. Злокачественные новообразования молочной железы являются одним из наиболее распространённых типов онкопатологии, в связи с чем идентификация новых молекулярно-генетических диагностических маркеров приобретает особую актуальность. Цель. Целью работы явилась характеристика профилей метилирования генов онкогенного пути Wnt SFRP2, PYGO1 и WIF1 с точки зрения их потенциального применения в качестве эпигенетических маркеров злокачественных новообразований молочной железы. Материалы и методы. Для характеристики профилей метилирования ДНК вблизи точек начала транскрипции генов-кандидатов использован метод бисульфитного секвенирования. Анализ аналитической чувствительности и специфичности детекции опухолей проводили с помощью кривых ROC в статистическом пакете SPSS. Результаты. В опухолевых образцах обнаружено гиперметилирование исследованных областей генов SFRP2, PYGO1 и WIF1, включающих 14, 5 и 7 CpG-динуклеотидов, соответственно. В целом, в опухолях уровень метилирования ДНК был значительно выше, чем в гистологически нормальной ткани. Использование индекса метилирования наиболее информативных единичных CpG-динуклеотидов обеспечило высокие показатели чувствительности и специфичности детекции опухолевых образцов: 88% и 94% (ген SFRP2, здесь и далее: чувствительность и специфичность), 100% и 81% (ген PYGO1 ), 81% и 88% (ген WIF1 ). Значимых изменений уровня метилирования CpG-динуклеотидов в зависимости от клинической стадии опухолей не обнаружено, что свидетельствует о раннем возникновении аномалий гиперметилирования при развитии рака молочной железы. Выводы. Уровень метилирования отдельных CpG-динуклеотидов генов SFRP2, PYGO1 и WIF1 позволяет с высокой точностью детектировать образцы злокачественных новообразований молочной железы и представляет интерес в качестве потенциальных диагностических маркеров. Обнаружение аномального гиперметилирования уже на ранних стадиях развития опухоли перспективно в контексте разработки методов ранней онкодиагностики.

Актуальность. У эмбрионов человека на преимплантационном этапе развития часто регистрируется явление хромосомного мозаицизма. Это может быть обусловлено особенностями сегрегации хромосом на данном этапе онтогенеза. Использование внеклеточной ДНК из внутриполостной жидкости может способствовать изучению частоты и механизмов возникновения хромосомного мозаицизма в бластоцисте путем анализа кариотипа клеток, подвергшихся апоптозу и недоступных для кариотипирования с применением традиционных технологий цитогенетического исследования. Цель: оценка частоты хромосомного мозаицизма у эмбрионов человека на стадии бластоцисты. Материалы и методы. CGH-анализ 14 эмбрионов человека на 5 день развития с разделением на внутреннюю клеточную массу, трофэктодерму и внутриполостную жидкость. Результаты. Анализ клеток эмбриобласта и трофобласта 14 бластоцист показал, что мозаицизм в каждом эмбрионе наблюдается в среднем по 5 хромосомам. При этом дополнительное использование внеклеточной ДНК приводит к увеличению спектра мозаичных хромосомных аномалий до 7 на образец. Анализ молекулярных кариотипов с использованием внеклеточной ДНК доказывает преимущественную элиминацию клеток с аутосомными моносомия из эмбриобласта. Выводы. Использование внеклеточной ДНК из полости бластоцисты повышает частоту регистрации хромосомного мозаицизма в циклах экстракорпорального оплодотворения и преимплантационной генетической диагностики в основном за счет анеуплоидий, представленных во внутренней клеточной массе бластоцисты.

Введение. Показано, что патогенные CNV связаны с интеллектуальными нарушениями, психоневрологическими и нервно-мышечными заболеваниями. Тем не менее, до настоящего времени клиническое значение CNV не всегда определяется однозначно. Мы сообщаем о пациенте, 2-летнем мальчике, с фармакорезистентной эпилепсией, у которого была обнаружена микродупликация 12q24.12, унаследованная от здоровой матери. У пациента отмечается ряд фенотипических особенностей, грубая задержка психомоторного развития, генерализованные тонико-клонические судороги, не купирующиеся противосудорожной терапией. Материалы и методы. Микродупликация 12q24.12 размером 125 т.п.н. была диагностирована методом матричной сравнительной геномной гибридизации (8 x 60K, Agilent Technologies). С использованием ПЦР в режиме реального времени было подтверждено ее наличие у пробанда и определено родительское происхождение. Результаты. Затронутая микродупликацией область содержат три гена: ACAD10, который экспрессируется в головном мозге плода, MAPKAPK5, участвующий в неврологических процессах, и ALDH2, который вовлечен в процессы нейродегенерации. Клинические признаки и гены, содержащиеся в области микродупликации, имеют значение для дальнейшего разграничения фенотипа микродупликации 12q24.12.

Актуальность: Сравнительный анализ молекулярных кариотипов внеклеточной ДНК из внутриполостной жидкости, внутренней клеточной массы и трофэктодермы бластоцисты позволяет зарегистрировать феномен реципрокных анеуплоидий. Это дает возможность определить источник происхождения числовых хромосомных нарушений, а также предположить механизмы их возникновения, связанные с постзиготическими ошибками сегрегации хромосом. Цель: Оценка частоты реципрокных анеуплоидий у эмбрионов человека на стадии бластоцисты. Материалы и методы: CGH-анализ 14 эмбрионов человека на 5 день развития с разделением на внутреннюю клеточную массу, трофэктодерму и внутриполостную жидкость. Результаты: При сравнении молекулярных кариотипов ДНК из внутриполостной жидкости, внутренней клеточной массы и трофэктодермы обнаружено, что у 64% эмбрионов имелись от 1 до 3 реципрокных анеуплоидий (9/14). В формирование реципрокных аномалий были вовлечены хромосомы 19 (33%), 16 (27%), 17, 21, 22 (по 13%). Частота реципрокных анеуплоидий в расчете на пару гомологичных хромосом, полученная на основе сравнительного анализа молекулярных кариотипов внеклеточной ДНК, внутренней клеточной массы и трофэктодермы, составила 24% (16/67); при сравнении внеклеточной ДНК и внутренней клеточной массы - 21% (14/67), внеклеточной ДНК и трофэктодермы - 3% (2/67), а при сравнении внутренней клеточной массы и трофэктодермы - 10% (7/67). Выводы: Использование внеклеточной ДНК из полости бластоцисты в качестве источника дополнительной информации о хромосомной конституции эмбриона позволяет на 56% повысить вероятность выявления реципрокных анеуплоидий, отражающих интенсивность постзиготических митотических ошибок сегрегации хромосом.

Актуальность. Одной из генетических причин интеллектуальных расстройств (ИР) являются вариации числа копий участков ДНК (CNV). Несмотря на то, что для некоторых вариаций показана связь с известными синдромами, большая их часть является редкими. Как правило, CNVs затрагивают протяженные области, включающие несколько генов. В ряде случаев мутации касаются единичных генов, что дает возможность связать изменение их дозы с наблюдаемыми клиническими аномалиями у пациента. Цель. Настоящая работа направлена на характеристику структурной вариабельности генома человека при ИР и картирование кандидатных генов. Материалы и методы. На микрочипах 44K и 60K (Agilent Technologies) проведено молекулярное кариотипирование 136 детей в возрасте от 3 до 17 лет с задержкой развития и ИР. Результаты. У 87 чел. (64%) кариотип оказался условно нормальным. Молекулярный диагноз поставлен 18 пациентам (13%). У 31 ребенка (23%) выявлены потенциально патогенные мутации. Для синдромов микроделеций 15q24 и 16p11.2 выделены минимальные регионы микроделеции, в которых идентифицированы гены-кандидаты. Впервые обнаружены реципрокные микроделеция и мипродупликация единственного гена CNTN6, экспрессируюшегося в мозге и ставшего кандидатным для ИР. Выводы. aCGH-анализ является эффективным методом генетической диагностики, который при обнаружении моногенных мутаций является информативным для идентификации новых генов-кандидатов ИР.