В работе оценено неравновесие по сцеплению однонуклеотидных вариантов (SNP) генов TLR4/AL160272.2 (rs1927914, rs1928298, rs7038716, rs7026297, rs7025144) у славян-жителей Западной Сибири. Проведен анализ ассоциаций SNP в области генов TLR4/AL160272.2 (rs1927914, rs7038716, rs7025144), SERPINA1 (rs1980616), ATXN2/BRAP (rs11065987), IL2RB (rs2284033), NT5C2 (rs11191582), CARD8 (rs11669386), ANG/RNASE4 (rs1010461) и ABTB2/САТ (rs2022318) при бронхиальной астме (БА), артериальной гипертензии (АГ) и их сочетании. Выполнено in silico аннотирование SNP, ассоциированных с данными заболеваниями, в отношении их регуляторного потенциала. В результате у славян-жителей Западной Сибири выявлено сильное неравновесие по сцеплению rs1928298 и rs1927914, а также rs7026297 и rs7038716. Установлено, что к развитию БА предрасполагают аллель G rs1927914 гена TLR4 и аллель С rs1980616 гена SERPINA1. Данные SNP влияют на изменение аффинности транскрипционных факторов семейств Pou и Klf4, а также на экспрессию генов TLR4 и SERPINA1 в клетках крови соответственно...

Метформин является одним из наиболее часто назначаемых для лечения и профилактики сахарного диабета 2 типа (СД2) лекарственных препаратов. Накапливаются многочисленные свидетельства, указывающие, что в основе неблагоприятных побочных эффектов метформина, а также индивидуальных различий ответа пациентов на лечение лежат как генетические, так и средовые факторы. В настоящем обзоре обобщена информация о генетических факторах и средовых модификаторах, определяющих индивидуальную реакцию пациентов на лечение метформином. Обобщены данные о роли полиморфизма наиболее значимых генов и кодируемых ими белковых продуктов как в развитии неблагоприятных эффектов, так и в определении терапевтического ответа, а также обсуждено место метформина в реализации фенотипических эффектов данных генов.Рассмотрены эндогенные условия и экзогенные воздействия, модифицирующие ответ на метформин. Среди них факторы, влияющие на функциональное состояние генома (уровень метилирования генов, так или иначе связанных с ответом на метформин, и др.), отражающие биологические особенности организма (половая принадлежность, возраст), уровень здоровья (наличие сопутствующих заболеваний, обеспеченность организма биометаллами и витаминами), прием других лекарственных препаратов и т.д...

Проведен анализ ассоциаций rs8078424 (chr17:59873104) с риском развития клинически выраженного атеросклероза сонных артерий и патогенетически значимыми для развития данной патологии количественными признаками, а также оценена связь данного генетического варианта с экспрессией гена MIR21 в лейкоцитах периферической крови пациентов. В группу обследования включены пациенты с клинически выраженным атеросклерозом сонных артерий (стеноз при ультразвуковом исследовании более 80%; n=104). В качестве контроля использованы популяционная выборка жителей г. Томска (n=161) и группа, состоящая из относительно здоровых индивидов, которые имели начальные стадии атеросклероза сонных артерий, но без гемодинамически значимых изменений (стеноз не более 24%; n=84). Генотипирование rs8078424 выполняли методом MALDI-TOF масс-спектрометрии на приборе Sequenom MassARRAY® (США). Уровень экспрессии гена MIR21 в лейкоцитах крови оценивался методом капельной цифровой ПЦР на приборе QX200 Droplet Digital PCR System (Bio-Rad)...

Болезнь Вильсона-Коновалова - редкое аутосомно-рецессивное заболевание, которое характеризуется патологическим накоплением меди в печени, головном мозге и других тканях. Дифференциальная диагностика болезни Вильсона-Коновалова представляет собой сложную задачу вследствие выраженной гетерогенности клинических проявлений. Это подчеркивает важность разработки как новых методов диагностики, так и усовершенствования существующих. В рамках настоящего исследования было проведено сравнение клинической диагностики заболевания с результатами молекулярно-генетических исследований. Проанализировано 42 пациента с подозрением на болезнь Вильсона-Коновалова. Произведена оценка значения биохимических показателей метаболизма меди (концентрация церулоплазмина, щелочной фосфатазы, общего билирубина, АСТ, АЛТ сыворотки крови, содержание меди в печени, экскреция меди с мочой) согласно Лейпцигской количественной шкале. Для молекулярно-генетического анализа использовали геномную ДНК. Обогащение интересуемых регионов генома проводилось с помощью ПЦР длинных фрагментов...

Присутствие дополнительных хромосомных вариантов в геноме пациента или бессимптомное носительство аберрации может приводить к фенотипической вариабельности проявлений патогенетически значимой CNV. Высказана гипотеза, что сочетанное действие CNV оказывает модифицирующий эффект, который может быть кумулятивным или компенсаторным, и, соответственно, изменять риск, связанный с определённой CNV, что имеет принципиальное значение для медико-генетического консультирования.

Моногенные вариации числа копий участков ДНК (CNV) зарегистрированы с частотой 4,4% среди пациентов с интеллектуальными нарушениями и задержкой развития и охарактеризованы по таким критериям как тип (делеция/дупликация), локализация, происхождение. Показано, что не все моногенные варианты, выявленные микроматричным анализом, можно подтвердить методом ПЦР в реальном времени.

Цель: представление клинического случая успешного преимплантационного генетического тестирования моногенного заболевания (ПГТ-М) - мукополисахаридоза второго типа (МПС II, синдром Хантера). Методы. Супружеская пара (32 и 31 год), имеющая ребенка с МПС II, обратилась за проведением ПГТ-М (патогенный вариант гена IDS - c.613delG). У женщины также имелась инверсия хромосомы 10. Для семьи была разработана система таргетного преимплантационного тестирования МПС II, валидирована на единичных лимфоцитах и продуктах полногеномной амплификации. Использовали метод двухраундной ПЦР с детекцией фрагментным анализом. В двух программах экстракорпорального оплодотворения (ЭКО) применяли стандартные протоколы стимуляции суперовуляции, оплодотворение проводили методом ИКСИ (инъекция сперматозоида в цитоплазму ооцита). Биопсию эмбрионов выполняли на пятые сутки развития (один эмбрион на шестые), эмбрионы витрифицировали. ПГТ-М проводили в транспортном варианте по схеме, разработанной на подготовительном этапе...

Моногенная микродупликация TSPAN7 часто классифицируется либо как перестройка с неясной клинической значимостью, либо как условно патогенная. При этом у гемизиготных носителей кроме нарушений интеллектуального развития и/или аутизма, наблюдаются и дисморфии, что характерно для синдромальных форм интеллектуальной недостаточности. В настоящей работе мы анализировали патогенетическую роль микродупликации в формировании клинического фенотипа XLID у двух пациентов. Результаты работы позволяют предположить, что внутригенная дупликация TSPAN7 является патогенной и имеет тенденцию к формированию у гемизиготных носителей синдромальной формы XLID.

Цель. Оценить возможность применения технологии секвенирования третьего поколения компании Oxford Nanopore Technologies для диагностики гипертрофической кардиомиопатии.

Материал и методы. Обследованы 12 пациентов с установленным диагнозом “гипертрофическая кардиомиопатия”: 9 женщин и 3 мужчин, в возрасте от 18 до 67 лет. ДНК-библиотека для секвенирования была приготовлена на основе продуктов Long-Range ПЦР, охватывающих полную последовательность генов MYH7, MYBPC3, TNNT2, TNNI3 и TPM1 (по протоколу “PCR barcoding amplicons (SQKLSK109)”). Секвенирование выполнено на платформе MinION компании Oxford Nanopore Technologies (UK). Биоинформатические алгоритмы обработки данных включали “Guppy v.5.0.7”, “Nanopolish” и “Clairvoyante”. Выявленные генетические варианты были подтверждены с помощью секвенирования по Сэнгеру.

Результаты. Получены данные о полной последовательности пяти основных генов саркомерных белков гипертрофической кардиомиопатии...

An analysis of the prevalence of the CNTN6 gene microdeletions and microduplications in patients with neurodevelopmental disorders and healthy individuals was performed. Array comparative genomic hybridization and real-time PCR were used for screening of the CNTN6 gene copy number variations among 1070 patients with intellectual disability, 86 schizophrenia patients, and 200 healthy individuals. According to our current results and published data, the overall frequency of microdeletions and microduplications of the CNTN6 gene was estimated as 1 : 711 (0.14%) in patients with neurodevelopmental disorders and 1 : 917(0.11%) in healthy individuals. CNTN6 microduplication in a control group was statistically significant in comparison with patient’s group (p = 0.0372). For 43 out of 100 CNTN6 chromosomal mutations described in the literature, the inheritance from one of the parents was shown. In 12 cases out of 18 (67%), CNTN6 gene microdeletions and microduplications were inherited from a apparently healthy parent without phenotypic manifestations of the chromosomal mutation.

Проведен анализ распространенности микроделеций и микродупликаций гена CNTN6 среди пациентов с нарушением нервно-психического развития и здоровых индивидов. С помощью матричной сравнительной геномной гибридизации и ПЦР в режиме реального времени в выборке 1070 пациентов с задержкой интеллектуального развития, 86 пациентов с клиническим диагнозом шизофрения и 200 здоровых индивидов выполнен скрининг изменений числа копий хромосомного региона 3p26.3, затрагивающих ген CNTN6. На основании полученных результатов и данных литературы оценена суммарная частота изолированных микроделеций и микродупликаций, составившая 1 : 711 (0.14%) в выборке пациентов с нарушением нервно-психического развития и 1 : 917 (0.11%) в группе здоровых индивидов. Среди здоровых индивидов статистически значимо преобладали микродупликации CNTN6 (p = 0.0372). Для 43 из 100 описанных в литературе случаев хромосомных мутаций было показано их наследование от одного из родителей. В 12 случаях из 18 (67%) микроделеции и микродупликации были унаследованы пробандом от условно здорового родителя без фенотипических проявлений хромосомной мутации.

A replicative analysis of associations with obesity of 53 polymorphic markers associated with the results of genome-wide studies with variability of the body mass index and/or obesity was performed. For the first time in the Russian population, an association with obesity of polymorphic markers rs3810291 of the ZC3H4 gene, rs12940622 of the RPTOR locus, rs1800437 of the GIPR gene, and rs13021737 located in the intergenic region of the genome is shown. Possible molecular mechanisms for the involvement of the studied genes in the pathogenesis of the disease are discussed.

В работе проведен репликативный анализ ассоциаций с ожирением 53 полиморфных генетических маркеров, связанных по результатам полногеномных исследований с вариабельностью индекса массы тела и/или ожирением. Впервые в популяции русских показана ассоциация с ожирением полиморфных маркеров rs3810291 гена ZC3H4, rs12940622 локуса RPTOR, rs1800437 гена GIPR и rs13021737, локализованного в межгенном регионе 2-й хромосомы. Обсуждаются возможные молекулярные механизмы вовлечения изученных генов в патогенез заболевания.

The genetic diversity of sixteen native populations of North Eurasia is investigated using a panel of genetic markers in genes associated, according to the data of genome-wide association studies, with diseases that lead to impaired human cognitive functions (schizophrenia, Alzheimer’s disease, and their cognitive endophenotypes). There is a decrease in genetic diversity in the geographic space from west to east. The highest level of genetic diversity was shown in Caucasoid populations. There are two groups of SNPs that predominate in Caucasians or Mongoloids. The location of sixteen populations in the space of the principle components demonstrates their geographic localization. Clusterization of populations in accordance with their affiliation to four geographic regions was observed. In general, the analysis of within- and between-population genetic diversity for 28 markers in 16 populations replicates the patterns of the Northern Eurasia gene pool structure, which are described using other marker systems

Впервые исследовано генетическое разнообразие 16 популяций коренного населения Северной Евразии по панели генетических маркеров генов, ассоциированных, согласно данным полногеномных ассоциативных исследований, с заболеваниями, которые ведут к нарушению когнитивных функций человека (шизофренией, болезнью Альцгеймера и их когнитивными эндофенотипами). Наблюдается снижение генетического разнообразия в географическом пространстве с запада на восток. Наибольший уровень генетического разнообразия показали европеоидные популяции. Выделяются две группы маркеров, которые преобладают у европеоидов или у монголоидов. Расположение 16 популяций в пространстве главных компонент отражает их географическую локализацию и позволяет выделить четыре кластера. В целом анализ внутрипопуляционного и межпопуляционного генетического разнообразия по 28 маркерам в 16 популяциях отражает закономерности структуры генофонда Северной Евразии, которые описаны по другим системам маркеров.