Уровень спонтанных и радиационно-индуцированных повреждений ДНК в соматических клетках человека варьирует в зависимости от генетических и средовых факторов. Такая вариация может быть ассоциирована с транскрипционными изменениями в клетках, позволяя использовать уровень экспрессии генов в качестве маркеров индивидуальной чувствительности к мутагенному воздействию. Данное исследование было направлено на выявление и характеристику дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ) в лимфоцитах индивидов с различным уровнем эндогенных фокусов белков репарации ДНК γH2AX и частотой радиационно-индуцированных микроядер (n = 37). Группа с низким уровнем фокусов характеризовалась 0.18 ± 0.02 фокусов γH2AX на клетку и частотой радиационно-индуцированных микроядер 155.78 ± 47.19‰. Группа с высоким уровнем фокусов характеризовалась 0.49 ± 0.07 фокусов γH2AX на клетку и частотой микроядер 78.44 ± 33.21‰. С помощью полнотранскриптомного анализа профиля экспрессии генов было выделено семь ДЭГ (ENST00000424415, CRNDE, ADAMTS1, ENST00000424084, EIF2A, PNPLA5, FRG2C) (FDR < 0.2). Поскольку металлопротеиназа межклеточного матрикса ADAMTS1 может активировать латентную форму TGFβ, а TGFβ вовлечен в радиационно-индуцированный клеточный ответ, в модельной системе на основании клеточной линии HeLa было изучено влияние дифференциальной экспрессии данного гена на транскрипционный профиль. Показано, что 29 из 160 выявленных ДЭГ вовлечены в апоптоз, репарацию ДНК, переход клеточного цикла из стадии G2 в M и сигнальный путь TGFβ. Таким образом, ADAMTS1 может быть рассмотрен в качестве потенциальной мишени для противоопухолевой терапии.

Генетические факторы лежат в основе патологических процессов, являющихся причиной манифестации широкого круга нейродегенеративных заболеваний. В результате экспансии нестабильных тринуклеотидных повторов образуются патологические аллели, которые приводят к развитию моногенных неврологических заболеваний (болезнь Гентингтона, болезнь Кеннеди, спиноцеребеллярная атаксия и др.). Однако в последнее время появляются данные относительно роли аллелей с промежуточным числом таких повторов в формировании клинических особенностей многофакторных неврологических фенотипов (болезнь Паркинсона, болезнь Альцгеймера). В статье обобщена информация, касающаяся современных представлений о роли «промежуточного» аллеля, преимущественно гена гентингтина (HTT), в патогенезе и клинической картине нейродегенеративных заболеваний, в первую очередь при болезни Паркинсона. Также разбирается вопрос о необходимости разработки особой тактики ведения индивидов-носителей «промежуточного» аллеля с участием команды высококвалифицированных специалистов в области неврологии и генетики, что позволит провести раннюю диагностику нейродегенеративного заболевания и улучшить медико-генетическое консультирование семьи.

Обзор посвящен анализу вариабельности клинических проявлений неоднократно зарегистрированного у пациентов с гипертрофической кардиомиопатией (ГКМП) патогенного варианта p.Arg870His гена MYH7. К анализу привлечены данные научных публикаций, полученных в результате поиска в базах данных PubMed, СlinVar, eLibrary.ru, а также собственные результаты. Выявлен широкий спектр фенотипических проявлений у носителей патогенного варианта p.Arg870His: от бессимптомного носительства до тяжелого течения, быстрого прогрессирования и ранней смерти. Обсуждаются возможные факторы, модифицирующие эффект патогенного варианта (доза патогенного варианта, наличие других неблагоприятных генетических вариантов и др.). Подчеркивается важность накопления информации о клинических особенностях течения ГКМП у носителей конкретных вариантов генов с целью уточнения их патогенности, выявления модифицирующих клиническую картину факторов, что имеет значение для определения тактики ведения пациентов с ГКМП, уточнения прогноза, определения стратегии обследования членов их семей.

Поражение сердца при болезни Фабри (БФ) является прогностически неблагоприятным проявлением и причиной смерти. Учитывая, что заболевание редко встречается в клинической практике, низкая осведомленность врачей о данной патологии приводит к поздней диагностике заболевания и отсутствию патогенетической терапии.

Цель. Представить клиническую картину кардиологического фенотипа БФ для повышения осведомленности врачей о данном заболевании.

Материал и методы. В клиническом случае наблюдали бессимптомное течение заболевания до 46 лет и манифестацию болезни в виде нарушения ритма сердца. По результатам эхокардиографии выявлена выраженная гипертрофия миокарда левого желудочка (ЛЖ) (индекс массы миокарда 214 г/м2) без признаков обструкции выводного отдела ЛЖ, а также выявлена дилатация левого предсердия (ЛП) (индексированный объем ЛП - 47 мл/м2). Оценена систолическая функция правого желудочка (ПЖ), ЛЖ с помощью технологии Speckle Tracking Imaging-2D Strain, установлена скрытая субклиническая систолическая дисфункция ПЖ и ЛЖ.

Результаты. По результатам ферментного анализа методом тандемной масс-спектрометрии выявлено резкое снижение активности альфа-галактозидазы - 0,03 мкмоль/л/ч (норма 0,80-15,00 мкмоль/л/ч), а также повышенная концентрация Lyso-GB3 - 95,18 нг/мл (норма 0,05-3,0 нг/мл). Проведено молекулярно-генетическое исследование образцов крови. Методом прямого автоматического секвенирования гена GLA был выявлен вариант нуклеотидной последовательности с.1229 С>T, приводящий к замене p.Thr4101le в гемизиготном состоянии.

Заключение. Данное наблюдение показывает возможность и целесообразность диагностики БФ в кардиологической практике у пациентов с гипертрофией миокарда ЛЖ неясной этиологии, при этом диагностировать атипичные варианты можно только путем молекулярно-генетического исследования.

Мышечная дистрофия Дюшенна (МДД) - фатальное нервно-мышечное заболевание, обусловленное мутацией гена, кодирующего белок дистрофин. В результате развивающегося и прогрессирующего повреждения и атрофии мышц пациенты теряют способность к самостоятельному передвижению, у них развиваются респираторные и кардиологические нарушения. На разных стадиях МДД используются разные методы ведения. Клинический эффект новых методов таргетной терапии МДД может зависеть от стадии болезни на момент назначения лечения: амбулаторной, когда пациент ходит самостоятельно, или неамбулаторной, когда способность к самостоятельной ходьбе утрачена. Сегодня нет единых критериев статуса пациента с точки зрения амбулаторности, а в клинических исследованиях и реальной практике используются разные подходы к ее оценке. Тем не менее определение понятий «амбулаторность» и «неамбулаторность» критично для пациентов с МДД, так как подходы к ведению пациентов в амбулаторной и неамбулаторной стадии болезни различны. В статье представлены обзор, сравнение и анализ определений «амбулаторность» и «неамбулаторность», использованных в клинических исследованиях, реальной медицинской практике, международных стандартах и рекомендациях.По итогам анализа предлагается в реальной клинической практике трактовать амбулаторность больных МДД как способность ходить без использования вспомогательных средств и без указания дистанции и времени, а потерей амбулаторности считать состояние, при котором пациент вынужден постоянно использовать инвалидное кресло для передвижения как вне дома, так и в домашних условиях.

Цель: представление метода пренатальной молекулярно-генетической диагностики (ПД) врожденной гиперплазии коры надпочечников (ВГКН) с использованием анализа частых патогенных вариантов, косвенной диагностики и анализа пола. Методы. Молекулярно-генетические исследования выполнены на образцах ДНК, выделенных из образцов цельной крови и ворсин хориона. Стратегия исследования основана на методах из литературных источников, собственных модификациях и разработках. Исследование включало анализ частых патогенных вариантов гена CYP21A2 (P30L, IVS2AS A/C-G, -13, 8 bp del, I172N, V281L, Q318X, R356W, P453S), перестройки между геном и псевдогеном (делеция 30 т.п.н.), косвенных STR-маркеров (TNFa, D6S273, D6S2781, LH1, D6S1666, D6S2443) и пола плода (SRY и AMELX/AMELY). Базовым методом для всех этапов служила полимеразная цепная реакция (ПЦР). При анализе точковых мутаций гена CYP21A2 использовали подход двухраундовой ПЦР и последующего рестрикционного анализа. Для детекции применяли методы гель-электрофореза и фрагментного анализа на генетическом анализаторе. Результаты. В нашем исследовании детально описано пренатальное молекулярно-генетическое исследование ВГКН с особенностями всех этапов тестирования. В семье, планирующей ПД и имеющей ребенка с сольтеряющей формой ВГКН, проводилось предварительное молекулярно-генетическое обследование. У больного ребенка выявлен компаундный генотип с патогенными вариантами IVS2AS A/C-G, -13 материнского происхождения и комплексным мутантным аллелем P30L + 8 bp del + IVS2AS A/C-G, -13 отцовского происхождения. В образце плода нами выявлен гетерозиготный генотип с патогенным материнским вариантом во втором интроне. Исследованные полиморфные STR-локусы, фланкирующие ген CYP21A2, подтвердили нормальный отцовский и патогенный материнский гаплотипы у плода. Дополнительно данные по STR свидетельствовали об отсутствии контаминации материала плода материнской ДНК. У матери неинформативными (гомозиготными) были два микросателлитных маркера, у отца информативны были все шесть. Заключение. Предложенная нами система молекулярно-генетического тестирования, включающая анализ патогенных вариантов в сочетании с косвенной диагностикой по STR-маркерам и анализом пола позволяет обеспечить надежный вариант ПД ВГКН.

Цель исследования - поиск ассоциации однонуклеотидных полиморфных вариантов (SNPs) генов, потенциально вовлеченных в развитие коморбидных фенотипов бронхиальной астмы (БА) в сочетании с гипертонической болезнью (ГБ), различающихся по времени манифестации каждого из данных заболеваний относительно друг друга.Материалы и методы. Генотипирование 92 SNPs выполнено с помощью масс-спектрометрии MALDI-TOF у пациентов с БА в сочетании с ГБ (n = 97) в сравнении с контрольной группой практически здоровых индивидов (n = 153). Группа пациентов с коморбидной патологией была разделена на две подгруппы в зависимости от времени начала клинических симптомов БА относительно ГБ, и распространенность всех изученных SNPs сравнивали в каждой подгруппе относительно контроля.Результаты. Установлено, что полиморфный вариант rs11590807, регулирующий экспрессию генов UTP25, TRAF3IP3, C1orf74, HSD11B1-AS 1, IRF6, в том числе в тканях сердца, сосудов, а также легких, ассоциирован с развитием коморбидности БА и ГБ независимо от начала манифестации каждого из этих заболеваний. Ассоциации других выявленных вариантов специфичны относительно времени начала каждого из составляющих коморбидность заболеваний (БА и ГБ). Так, вариант rs1010461, регулирующий экспрессию генов RNASE4 и ANG в тканях легких, сердца и сосудов, специфичен для развития ГБ на фоне БА, а варианты rs769214, rs11032700, rs11032699, rs484214 и rs480575, регулирующие экспрессию гена CAT в крови, сосудах, сердце и других тканях, специфичны для фенотипа БА, манифестирующей после ГБ.Заключение. Установлена специфичность ассоциаций исследуемых полиморфных вариантов в развитии коморбидных фенотипов БА и ГБ, различающихся по времени манифестации каждого из заболеваний относительно друг друга.

Fabry disease is an X-linked hereditary lysosomal storage disorder caused by mutations in the GLA gene. Neonatal screening for Fabry disease in males is feasible by measurement of α-galactosidase A activity in DBS using either the mass spectrometric or fluorigenic substrate. The aim of the study: to assess the possibility of introducing the compared methods into the practice of neonatal screening. In the both assays performed a statistically significant difference of the enzyme activity between affected individuals and controls is reported. The slight modification of the fluorimetric method by centrifugation of a 96-well microplate before measurement could improve signal to noise ratio.

Болезнь Фабри - вызванное мутациями в гене GLA Х-сцепленное наследственное заболевание, которое входит в группу лизосомных болезней накопления. Неонатальный скрининг новорожденных мальчиков технически возможен благодаря измерению активности фермента альфа-галактозидазы А в сухих пятнах крови с применением методов масс-спектрометрического и флуоресцентного анализа. Цель исследования: оценить перспективу внедрения сравниваемых методов энзимодиагностики в практику неонатального скрининга. Для обоих подходов показана достоверность различий в измеряемой активности фермента в образцах биологического материала между группами новорожденных и пациентов с болезнью Фабри. Небольшая модификация флуориметрического метода за счет центрифугирования 96-луночного микропланшета перед измерением может улучшить отношение сигнал / шум.

The study aimed to search for mutations in the ATP7B gene using massively parallel sequencing in patients with Wilson disease in the Tomsk region. For 42 patients with suspected Wilson's disease (aged from 1 to 33 years) was performed molecular genetic analysis. Enrichment of the interest genome regions was carried out by the long-range PCR. DNA libraries with ligated adapters were constructed with Nextera DNA Flex (Illumina, USA) kit. Sequencing was performed on the Illumina MiSeq platform (Illumina, USA). As a result of this work, we identified 9 pathogenic genetic variants. All variants were previously described in the literature and were found in patients with Wilson's disease. Five missense mutations, one splice site mutation, and 3 frameshift mutations were identified. In patients with Wilson's disease in the Tomsk region, the most common variant was c.3207C>A, this variant is the most common both in the Russian Federation and in other European populations. Also, a pathogenic variant c.3036dupC was found, which is probably endemic to the Russian Federation.

Целью работы являлся поиск мутаций в гене ATP7B с помощью массового параллельного секвенирования у пациентов с болезнью Вильсона-Коновалова в Томской области. Молекулярно-генетический анализ проводили у 42 пациентов в возрасте от 1 года до 33 лет с подозрением на болезнь Вильсона-Коновалова. Обогащение интересуемых регионов генома проводили с помощью ПЦР длинных фрагментов. Для подготовки ДНК библиотек был использован набор Nextera DNA Flex (Illumina, США). Секвенирование проводилось на приборе Illumina MiSeq (Illumina, США). В результате проведенной работы выявлено 9 патогенных вариантов. Все выявленные варианты были ранее описаны в литературе и встречались у пациентов с болезнью Вильсона-Коновалова. Были выявлены 5 миссенс-мутаций, 1 мутация сайта сплайсинга и 3 мутации со сдвигом рамки считывания. Чаще всего у пациентов с болезнью Вильсона-Коновалова в Томской области встречался вариант c.3207C>A, данный вариант является наиболее распространенным как в Российской Федерации, так и в других европейских популяциях. Кроме того, был обнаружен патогенетически значимый вариант c.3036dupC, который, вероятно является эндемичным для России. Выявленный спектр и частота мутаций в целом совпадают с мутациями, выявленными в европейских популяциях. При этом в результате проведенной работы идентифицирован вариант нуклеотидной последовательности в гене ATP7B, эндемичный для России.

Изучены ассоциации генов, дифференциально экспрессирующихся в плаценте, с риском развития преэклампсии (ПЭ) у женщин Центральной России. Исследование проведено на выборке из 366 беременных с преэклампсией и 631 женщин контрольной группы. Всем беременным проводилось типирование специально отобранных девяти SNP генов, дифференциально экспрессирующихся в плаценте. Ассоциации SNP генов-кандидатов c преэклампсией оценивали при помощи логистической регрессии. Для полиморфных вариантов, показавших ассоциации с ПЭ, оценивали in silico их функциональные эффекты. Установлено, что аллель G rs36011588 TMEM136 оказывает протективный эффект (ОШ = 0.65), а гаплотип CA гаплоблока rs2532058–rs66707428 PPP1R12C является фактором риска (ОШ = 1.21) развития преэклампсии. Ассоциации данных SNP с формированием преэклампсии могут быть обусловлены их важным эпигенетическим значением: расположены в сайтах для модифицированных гистонов в областях промоторов и энхансеров, в ДНКаза-гиперчувствительных сайтах, сайтах связывания с регуляторными белками, в доменах связывания с факторами транскрипции. Также данные локусы связаны с уровнем транскрипции и альтернативного сплайсинга в тканях, патогенетически значимых для развития преэклампсии.

Dilated cardiomyopathy (DCM) is one of the most common and clinically heterogeneous forms of cardiomyopathy characterized by a high risk of unfavorable course and outcome. A complex etiology has been shown for DCM. Genetic factors contribute to both familial and sporadic cases. The review summarizes information on the role of genetic factors in the clinical variability of DCM. Much of the data accumulated to date indicates a high genetic heterogeneity of DCM. There are numerous rare pathogenic variants in more than 100 genes that lead to the disease. The type, number, and localization of these genetic variants can affect the clinical course of DCM. Furthermore, common genetic variants are localized in various loci, including genomic regulatory regions and genes of “monogenic forms” of DCM, acting as factors modifying the pathological phenotype.